Корректно ориентироваться на написание в «Большой российской энциклопедии»: Джума-мечеть. В данном сочетании первый элемент воспринимается как собственное название конкретной мечети.
Запятая не требуется.
Названия стихийных бедствий (ураганов, тайфунов, торнадо и пр.) заключаются в кавычки и пишутся с прописной буквы: тайфун «Джуди», ураган «Катрина», шторм «Ноэль», циклон «Сидр». Название, заключенное в кавычки, не склоняется, если выступает в сочетании с родовым словом: город пострадал из-за урагана «Катрина», жертвами шторма «Ноэль» стали сотни людей. При отсутствии родового слова название следует склонять: город пострадал из-за «Катрины», жертвами «Ноэля» стали сотни людей.
Оба слова отвечают литературной норме языка.
По основному правилу запятая нужна, но для точного ответа требуется знать все предложение.
