Вы совершенно правы.

Запятая не нужна: здесь сочетание согласованного и несогласованного определения обозначает единый признак.

Метафорический перенос — это способ появления нового значения у слова, а омонимы — это разные слова с несвязанными значениями. То есть исходное и метафорическое — это два значения одного многозначного слова, это не омонимы.

Правильно: гриб поганка. Пишутся раздельно два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов.

Указанная запятая ставится.

Да, по мнению некоторых лингвистов (например, Н. М. Шанского), слова берег и беречь этимологически связаны друг с другом. 

Слово берег восходит к индоевропейской основе *bherg'hos и имеет соответствия в других индоевропейских языках: ср. нем. Berg 'гора', норв. berg 'гора; горная цепь', исл. bjarg 'скала, утес', арм. berj 'высота', т. е. первоначальное значение этого индоевропейского корня – 'высота, возвышение', затем – 'гора, гористый берег' и – уже в общеславянском языке – 'берег' вообще (ср. в русских говорах гора – 'возвышенный берег', дорога горой – 'по высокому берегу реки').

Слово беречь восходит к общеслав. *bergti, исходное значение которого – 'прятать, укрывать, защищать'.  Этот глагол тоже имеет соответствия в других индоевропейских языках, ср. нем. bergen 'прятать, закрывать'. Ученые предполагают, что он восходит к той самой индоевропейской основе *bherg'hos. Развитие значения, возможно, шло следующим образом: 'гора' > 'убежище' (гора, углубление в горе служили средством защиты, местом, где можно спрятаться).

Все три вызывающие сомнения предложения могут употребляться в двух вариантах: Вот и сказочке конец / Вот и сказочки конец. Вопросы задаются так: Вот и конец (пришел) — чему? — сказочке или Вот и конец — чего? — сказочки.

Грамматически верны оба варианта, чаще употребляются варианты: Вот и сказочки начало; вот и сказки половина, вот и сказочке конец.

Правилен второй вариант. Аналогичные примеры можно найти в «Письмовнике».