Объяснить можно по-разному, в зависимости от уровня знаний и интереса пятиклассника. Можно ограничиться следующим: у этих глаголов буквенная основа неопределенной формы и буквенные основы форм настоящего времени совпадают. Ср.:

Прыга/ть, прыга/л, прыга/ю, прыга/ет и т. д. – формы одного слова, поэтому у них одна основа.

Та же закономерность во многих (но не во всех) словах, заканчивающихся в неопределенной форме на ать: чита/ть – чита/ю, дума/ть – дума/ю, полыха/ть – полыха/ю. Но ср.: писа/ть – пиш/у, балова/ть – балу/ю.

Если же ребенок неплохо знает фонетику, то можно понаблюдать за звуковыми различиями основы.

В формах настоящего времени гласный сохраняется, он такой же, как в неопределенной форме. Это либо ударный [а] (чит[а]ть – чит[а]ет), либо безударный редуцированный [ъ] (прыг[ъ]ть – прыг[ъ]ет). Но есть интересное отличие: в настоящем времени добавляется согласный [j]. Прислушайся:

прыга[j]ют

прыга[j]ет

прыга[j]ешь

Получается, что основа неопределенной формы, заканчивающаяся на а, соотносится с основой настоящего времени, заканчивающейся на аj. Т. е. у глаголов не одна, две основы. Ср.: читать, читал, но читают, читает. А иногда и три! Основы глаголов по-разному соотносятся друг с другом. Но не бывает такого, чтобы основа неопределенной формы заканчивалась на а, а настоящего времени – на у.

Это лексически избыточное, но употребляемое сочетание.

Нормативно: Лилечка.

В данном сложном предложении 4 простых.
Это сложносочиненное предложение с подчинением. 

Запятая не нужна: дополнения об увеличении и о продлении однородны.

Вторая запятая закрывает придаточное предложение на какое количество дней предоставляется отпуск. Пунктуация верна.

Корректно: Сергей Бугаев – Африка или Сергей Бугаев (Африка) (без кавычек).

Да, фамилия Синица склоняется (и мужская, и женская).

Если в логотипе и на вывеске используются два слова «Клиника» и «Николаевская», то при написании следует придерживаться этого же формата: Клиника Николаевская. Это необходимо для сохранения единства и узнаваемости бренда.