Верно: ...с сайта site.ru.
Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.
Запятую принято ставить, хотя пунктуационных оснований для этого нет. Постановка запятой объясняется влиянием европейской эпистолярной традиции.
Фраза построена неудачно. Возможные варианты: Иванов Петр Иванович, родившийся 23.05.1999; Иванов Петр Иванович, 1999 г. р. Однако следует признать, что формулировка такой-то, 01.01.1990 года рождения... устоялась в канцелярской речи и вошла во многие шаблоны и образцы. В ней возможны варианты пунктуации: либо поставить обе запятые (выделить дату рождения как уточнение), либо убрать оба знака.
Обособление не требуется.
Как правило, сначала пишут инициалы.
Нужно смотреть по контексту, но чаще пишется без запятой: Директор Иванов Иван Иванович.
Фамилия склоняется: клиентом Ивановым.
Фамилии и имена студентов в этом предложении необходимо написать в форме родительного падежа.
