Приведенные Вами сочетания могут использоваться как описательные обороты или как неофициальные названия. В первом случае сопоставление с сочетанием российское правительство корректно, ср. также: останкинская усадьба (усадьба Останкино), альпийский хребет (Альпы — горный хребет). Названия Внуковский аэропорт и Шереметьевский аэропорт зафиксированы в словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011). 

Написание этого сочетания определяется контекстом. При намерении подчеркнуть цельность выражаемого признака (это возможно прежде всего в терминах) правильным будет слитное написание. В других случаях правильно раздельное написание как сочетания наречия с причастием или прилагательным-причастием. Подробнее см. здесь.

Есть орфографическое правило: слова, обозначающие участки течения рек, пишутся со строчной буквы, если не входят в состав названий. Правильно: нижний Дон, средний Дон, верхний Дон. Ср.: Нижняя Тунгуска (название реки).

Вот самая свежая фиксация в академическом орфографическом словаре на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

альпа́к, -а и альпа́ка, -и, род. мн. -ов и альпа́к [изменено, ср. РОС 2012: альпака́, нескл., м. и ж. (животное) и с. (шерсть, ткань)]

Таким образом, словарь признал, что слово это стало склоняемым, а ударение в нем падает на вторую а. В других словарях пока еще можно встретить старую рекомендацию не склонять это слово и произносить альпака́, но этот вариант стремительно уходит из языка.

Это существительное женского рода. Правильное написание: альма-матер.

Словари, о которых Вы говорите, создавались в разное время и отражают разные этапы освоения этого слова русским языком. Раньше нормой был вариант альпака́ — несклоняемое существительное с ударением на последнем слоге. Сейчас словари фиксируют это существительное как склоняемое с ударением на втором слоге, причем возможны варианты: альпа́к (мужской род) и альпа́ка (женский род).