Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.

1. В справочниках не сформулировано правило о том, с какой буквы должна начинаться прямая речь, если она включается в текст как член предложения. Примеры приводятся разные, в частности: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича; Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание (примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Вопрос остается, видимо, на усмотрение автора текста. Добавим лишь, что если с помощью знака конца предложения (восклицательного, вопросительного знака, многоточия) передается интонация прямой речи, то естественно было бы начать ее с прописной буквы, чтобы представить как законченное предложение: Братья разворачиваются и уходят, и вслед им летит громогласное «Не смейте оставлять нас здесь!». Что касается двоеточия, то оно здесь совершенно точно не нужно.

2. Слово прощай может быть представлено и как нечленимое предложение, сказанное с определенной интонацией, и как слово, поэтому корректны разные варианты его оформления.

3. После тире ставится именно точка, потому что авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. См. подробнее ответ на вопрос № 325744.

Уместнее поставить точку: Я открыла финансовый отчёт за последний год. Прогнозы были неутешительные. Этот случай отличается от приводимых в справочниках примеров типа Я выглянул из кибитки: всё было мрак и вихорь или Вскинул голову — у порога стоит Мария тем, что во второй части говорится не о том, что непосредственно воспринял субъект, а об осмыслении того, что он воспринял (прочитал данные, содержавшиеся в отчете, и сделал вывод о том, что прогнозы неутешительные). Сравним: Я открыла финансовый отчёт за последний год: в нем не оказалось первых двух страниц.

В обеих частях предложения подлежащее выражено местоимением что. Тире между ним и именным сказуемым (бриллиант, фантик) не ставится.

Действует на основании Устава генеральный директор, исполняющим обязанности которого назначают Иванова. Поэтому правильно: Назначить Иванова А. И. исполняющим обязанности генерального директора, действующего на основании Устава...

Запятая не нужна. Для таких случаев есть отдельное правило: деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется).

Корректно: музей Николая Островского, т. к. это не официальное название организации: слово музей не начинает здесь имя собственное, а обозначает тип учреждения.

Правила не изменились: по нормам русской орфографии по-прежнему недопустимы слитные написания с прописной буквой в середине слова (см., например, § 151 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

К сожалению, игнорирование этой нормы не препятствует фиксации подобных названий в регистрационных документах компаний. А дальше во всей документации название приходится писать так, как оно закреплено в уставе.

Точка необходима, если формально следовать правилу сочетания кавычек и других знаков, которое гласит: «Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный/восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется. Неодинаковые же знаки, если они требуются по условиям контекста, ставятся и после закрывающих кавычек». Ср. в «Справочнике по русскому языку» Д. Э. Розенталя:

Я читаю роман А. И. Герцена «Кто виноват?».

Однако на практике в таких случаях точка часто не ставится: вопросительный (или восклицательный) знак перед кавычкой, закрывающей цитату, выполняет и функцию знака конца предложения, по аналогии с правилами оформления прямой речи.

Вопросительное слово что перед предложением, раскрывающим его конкретный смысл, отделяется от этого предложения запятой, передающей паузу: А там ты что, прячешься?