Возможны оба варианта.
Корректно: не выплачивать премию по итогам работы в июне 2017 года руководителям складов.
Правильно: карате. Это слово испытывало колебания в написании (что часто происходит с заимствованными словами в процессе их освоения языком), поэтому в словарях встречаются разные варианты. Однако академический «Русский орфографический словарь» фиксирует только написание карате.
Корректно: ...средний возраст которых не менее трех лет; средний возраст которых три года.
Запятая не нужна, так как предложение не содержит сравнения.
Здесь возможны варианты. Обстоятельства осенью 1943 года и в самый разгар войны с фашистской Германией можно рассматривать как однородные и произносить с перечислительной интонацией. В этом случае запятая не нужна. При этом оборот в самый разгар войны с фашистской Германией может выполнять роль пояснительной конструкции и соответственным образом оформляться интонационно. Тогда запятая необходима. Решение принимает автор текста.
Верно: уже не проводятся последние три года.
Запятые могут ставиться, если по условиям контекста слова весной 1906 года выступают в качестве уточнения и выделяются соответствующей интонацией.