Сочетание тем самым не обособляется. В Вашем предложении выделяется запятыми весь деепричастный оборот, в состав которого входят и слова тем самым. Правильно: ...она внесет значительный вклад в дальнейшее развитие UCP, тем самым усилив нашу молодую команду профессионалов.

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

В этом предложении нет присоединительного оборота, поэтому запятая перед в том числе не требуется.

Здесь корректно (если вообще требуется местоимение): над собой.

Сочетание тем не менее, выступающее в роли второго союзного элемента при союзе, не требует постановки знаков препинания: ...и тем не менее не отступил.

Высказывание В том числе не допускать нарушения действующих санитарных правил и нормативов не является законченным предложением. Определенно сказать, какие знаки внутри него требуются, невозможно.