Из вопроса неясно, имеется в интересующем Вас сочетании имя собственное или же географическое указание. Варианты: в жилмассиве "Юго-Западный", в юго-западном жилмассиве. 

Правиставка супер- пишется слитно. Об этом написано в «Русском орфографическом словаре» (электронная версия — в окне «Искать на Грамоте»).

Наиболее уместно поставить двоеточие, сигнализирующее о пояснении: Пацана обидели: не дали генерала. 

Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

Запятая перед союзом и не нужна, так как он связывает две однородные придаточные части; главная часть при этом достраивается: [Мы расскажем,] почему дети боятся темноты и при чем тут поиски страшных книг.

Нормативно (по отношению к одному лицу или к нескольким лицам): Вы больны? Вы добры? Вы одиноки?

В выражении Быть добру, здоровья всем! есть разве что некоторая стилистическая шероховатость, однако грамматической ошибки нет. Оно представляет собой свернутую конструкцию пожелания: [Желаем] быть добру и [желаем] здоровья всем.

Строгих правил для использования синтаксической инверсии в подобных ситуациях нет. Но вы верно отмечаете, что инверсивный (обратный) порядок слов не является регулярным в русском языке.

Особенности пунктуации при союзе или таковы:

Если неповторяющийся разделительный союз или (в значении 'либо') находится между однородными членами предложения, запятая перед союзом не ставится: Кошелек или жизнь? Уйду в отпуск в августе или в сентябре. Но ставятся запятые между однородными членами предложения, соединенными при помощи повторяющихся союзов или... или...: Куплю ребенку или кошку, или собаку, или черепашку.

Если же союз или употреблен в значении 'то есть', 'иначе говоря' и вводит пояснительную конструкцию, то перед или и в конце пояснительной конструкции ставятся запятые: Флексия, или окончание, у наречий отсутствует. 

Перед разделительным союзом или обычно ставится запятая или (в зависимости от контекста) другой знак препинания, если союз соединяет части сложного предложения: Уходи, или будет хуже.

Союз или может соединять две части наименования художественного произведения (книги, кинофильма и т. п.). В этом случае перед союзом ставится запятая, а первое слово второго названия пишется с прописной буквы: «Добро пожаловать, или Посторонним вход воспрещен» (название фильма); «Майская ночь, или Утопленница» (название повести).