Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.
В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте.
В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.
1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.: В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.
2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.
Здесь цитата представляет собой часть предложения, сопровождаемую вводным словом цитирую, и оформляется не как прямая речь; при этом кавычки используются как знак чужого слова: Его агент говорит, что он, цитирую, «берет перерыв».
Верное написание: в отсутствие (=при отсутствии).
Фраза неудачна в целом, мысль нужно выразить иначе.
1. Если вы поехали в каньон, чтобы исследовать его изнутри, следует использовать предлог в. Если же вы поехали на каньон, чтобы посмотреть на него сверху или со стороны, следует использовать предлог на.
2. В предложении Природа очень важна в нашей жизни предлог в корректен; возможен также вариант важна для нашей жизни.
Правильно: в завершение в знач. 'под конец, в качестве завершения': А в завершение мероприятия одна из юных участниц даже отправила свою открытку подруге.
Тире лучше поставить: Лечение проводят 22 медицинских центра, из которых 10 – в Москве, два – в Обнинске и два – в Уфе.
Возможно, лучше: ...магазина во время оформления покупки.
Варианты различаются по значению. В первом случае лучше заменить слово "продажа" на "доставка", чтобы избежать двусмысленности фразы.
