Вот что об этом сказано в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «Рядом стоящие имена собственные и нарицательные могут выполнять разные функции в зависимости от выражаемого значения. Например, в предложении Вошла его сестра Маша приложением является сестра; будучи логически выделенным, слово сестра может стать определяемым и тогда собственное имя Маша приобретает функцию уточняющего приложения и обособляется: Вошла его сестра, Маша».

1. Прилагательное частнонаучные (методы) пишется слитно, так как образовано от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки).

2. Сложные слова с первой иноязычной (интернациональной) частью, кончающейся на гласную, пишутся слитно. При этом в слове может быть несколько таких частей: автомотовелогонки, астроспектрофотометрия, палеофитогеографический, космогеобиопсихосоциальная (природа человека).

3. Это сочетания наречия (отвечающего на вопрос как?) и причастия, поэтому корректно раздельное написание: дисциплинарно организованные и междисциплинарно организованные системы.

В деловых текстах двоеточие в подобных случаях уместно. Абзацное членение не является обязательным, но оно может облегчить восприятие текста. В начале абзацев возможно использование строчных букв со скобками, маркирующих пункты перечня:

6. Установить предельную численность:
а) сотрудников центрального аппарата службы, которым присваиваются специальные звания, в количестве 828 единиц;
б) сотрудников региональных таможенных управлений, таможен, таможенных постов, организаций, находящихся в ведении службы, которым присваиваются специальные звания, в количестве 16 601 единицы;
в) ...

Все перечисленные топонимы имеют финское происхождение. В переводе с финского языка ярви — «озеро». Топонимы с частью -ярви не склоняются. При употреблении этих названий с прилагательными и глаголами в форме прошедшего времени нужно принимать во внимание родовую принадлежность опорного слова. Это может быть существительное город, как в случае с названием Суоярви (карельский Суоярви), или поселок, как в случае с названием Петяярви (излюбленный Петяярви), или иное существительное.

В подобных контекстах сочетание начиная с играет роль предлога, оборот с ним не требует обособления (см. параграф 73 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Следует заметить, что начиная с войны во Вьетнаме на них стремились возложить выполнение разведывательных задач по уничтожению объектов противника. Оборот может быть обособлен «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 того же справочника).

Прямая речь может оформляться двумя способами. Если прямая речь идет в строку (в подбор), то она заключается в кавычки. Если прямая речь начинается с абзаца, то перед ней ставится тире (кавычки отсутствуют). Выбор способа оформления прямой речи зависит от задач автора. Скажем, если нужно наглядно показать обмен репликами между разными персонажами (диалог), удобнее использовать второй вариант оформления прямой речи (без кавычек, каждая реплика начинается с новой строки и предваряется тире).

Все правки (кроме примера 4) спорные. В примере 1 запятую зачеркивать не стоило: обороты с предлогом помимо в знач. 'кроме' могут обособляться и, как показывает практика письма, чаще обособляются. Во втором примере возможны и тире, и запятая; окончательное решение принимает автор текста. В примерах 3 и 5 постановка запятых зависит от смысловых оттенков, от интонации, однозначного ответа здесь быть не может. В примере 4 запятая после не на кого обязательна: здесь кончается придаточное предложение.

Вы спрашиваете, как найти соединительную гласную или как ее обозначить? Найти несложно: это гласные между корнями, используемые при образовании сложных слов: сам-о-лет, пол-е-вод, птиц-е-лов. Что же касается обозначения, то соединительной гласной в этом смысле «не повезло»: если корень, приставку, суффикс всегда обозначают одинаково, то соединительную гласную по-разному: подчеркивают снизу, ставят черточку сверху, обводят кружочком... Принципиального значения это не имеет, но лучше всё же узнать у преподавателя, т. к. неправильное обозначение он может засчитать за ошибку.

Написание Пражская весна соответствует правилу: в названиях исторических эпох и событий с прописной буквы пишется первое слово (которое может быть единственным) и собственные имена, входящие в название. Важное слово здесь – исторических. Пражская весна была уже почти полвека назад, это уже историческое событие. «Арабская весна» – серия недавних событий, еще не успевших стать для нас историческими. Поэтому корректно написание не по аналогии с Пражской весной, а по аналогии с «оранжевой революцией» и «революцией роз» – «арабская весна».

Эти слова могут употребляться как субстантивированные существительные: выехал на Кутузовский (здесь Кутузовский отвечает на вопрос «что?», а не «какой?»), живу на Лесной. Но в примерах Кутузовский проспект, Лесная улица (т. е. в сочетаниях с существительными) об этих словах следует говорить как о прилагательных в составе собственных наименований. Случаи, когда одно и то же слово может употребляться и как существительное, и как прилагательное, не редкость. Ср.: в ванной  (существительное) и в ванной комнате  (прилагательное).