Как только — союз со значением времени, указывающий на быструю смену событий. В предложении, таким образом, происходит «стык» двух союзов — но и как только. Запятая между ними может ставиться или не ставиться в зависимости от того, присоединяет ли первый союз (в нашем случае — союз но) всё сложноподчиненное предложение целиком или только его главную часть, находящуюся после придаточной. Формальным показателем этого служит наличие или отсутствие второй части (коррелята) подчинительного союза, сравним примеры, приводимые в параграфе 123 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Собака приостановилась, и, пока она стояла, человек видел, как солнечный луч обласкал всю полянку (Пришв.); Думал я, что если не случится в этот час перемены, то  судье уток не стрелять этим утром (Пришв.). Если в первом примере придаточную часть можно изъять или переместить (сравним: Собака приостановилась, и человек видел, как солнечный луч обласкал всю полянку, пока она стояла), то во втором сделать это мешает коррелят то. В нашем случае у союза как только нет второй части, а значит, запятая перед ним нужна: Вокруг не было ни души, когда я приходил на реку порыбачить, но, как только я закидывал удочки, из балки появлялись босоногие мальчишки.

Добавим, что, как указано в этом же параграфе, запятая на стыке сочинительного и подчинительного союзов может не ставиться даже в том случае, если подчинительный союз не имеет второй части, но сочинительный союз при этом должен иметь присоединительное значение. В нашем случае значение союза но противительное.

Пунктуация верна. Чем читать об этом — сравнительный оборот.

Запятая нужна: Тут какой-то второй приступ невыносимого ужаса сковал ее, и тогда она почувствовала цепенеющие, почти полностью обессиленные руки и стала горячо и самозабвенно молиться. Определения являются однородными, если за одиночным определением следует определение, выраженное причастным оборотом: малоизвестные, расположенные на отшибе курганы; древняя, почерневшая от времени деревянная статуэтка; небольшое, устланное коврами возвышение; чёрные, гладко причёсанные волосы; худое, изборождённое глубокими морщинами лицо; пустое, запорошенное снегом поле; ранняя, чуть заигравшая зорька; твёрдый, плохо выбритый подбородок (ср. при другом порядке слов: плохо выбритый твёрдый подбородок).

Вы правы. В конструкциях с составными числительными, оканчивающимися на два, три, четыре, винительный падеж сохраняет форму именительного независимо от категории одушевленности.

Не требуется запятая перед тире в начале обособленного оборота (перед словом вероятно).

Да, имеет. Рекомендуем для чтения статью Наталии Муравьевой «Миф об ошибке: к вопросу о нормативности сочетания самый лучший» в «Вестнике РГГУ».

Неофициально Вы продублировали официальный титул. Он, как правило, сокращается: прошла встреча папы и патриарха.

Наречие воистину «в самом деле, поистине, действительно» пишется слитно.

Для выражения изъяснительных отношений в бессоюзном сложном предложении используется двоеточие: Вовремя б понять: жизнь замирала, не дав мне оторваться от корней.