Запятая ставится по правилу о постановке знаков препинания в сложносочиненном предложении. Грамматические основы Мендель был объективен и (не все) опыты воспроизводимы не объединены каким-либо общим для них элементом (обстоятельством, придаточной частью и т. д.).

В сочетании не видимые глазом частица не пишется раздельно в отличие от слитного написания приставки в сочетании невидимые глазу (см., например: Бешенкова Е. В., Иванова О. Е. Русское правописание с комментариями. Книга 2. Слитное, дефисное, раздельное написание. М., 2024. С. 104).

Существительное образование образовано суффиксальным способом от глагола образовать при помощи суффикса -ни[й]-.

Нужно тире: Oписать систему математически с учетом присущей ей нелинейности - значит не выпустить из поля зрения многие режимы, в том числе и те, что не бросаются в глаза, но могут возникнуть.

В этом случае достаточно запятой.

Выражение запрет молчания можно понять только одним образом: оно означает, что молчать не разрешается. Возможно, вы путаете его с другим оборотом - обет молчания (т. е. обещание молчать).

Прилагательное несуеверный в слитном написании фиксируется словарями. Однако в Вашем предложении смысл в отрицании суеверности, поэтому правильно раздельное написание.

Такое употребление не ошибочно, но все же характерно прежде всего для разговорной и профессиональной речи.

Правила обособления дополнений, обстоятельств, выраженных существительными с предлогами, относятся к тем пунктуационным правилам, которые подчеркивают смысловые взаимоотношения частей предложения-высказывания. Поскольку смысловые оттенки речи могут быть разнообразными, то и знаки, ориентированные на их передачу, допускают вариантность. Именно поэтому не приходится говорить о жесткой обязательности выделения / невыделения запятыми тех или иных оборотов. Слово «обычно» подчеркивает, что в большинстве контекстов оборот с предлогом кроме выделяется запятыми. Но можно предположить, что в каких-то ситуациях запятые будет лишними, помешают автору выразить свою мысль.