Правило об отсутствии запятой между сочинительным и подчинительным союзом при наличии в главном предложении второй части подчинительного союза – лишь частный случай более общего правила: запятая между союзами не ставится, если придаточное предложение невозможно изъять или переставить в другое место. Если в главном предложении есть вторая часть подчинительного союза, то изъятие или перестановка придаточного невозможна.
Попробуем переместить придаточную часть в Вашем предложении: И разговаривали с ним, а он отвечал, если хотел, или молчал, а он говорил с ними, как с равными себе, [когда пришли старейшие племени]. Такая перестановка невозможна, поэтому запятая между союзами а и когда не нужна.
В приведенном примере вставная конструкция представляет собой придаточную часть, парные тире заменяют собой парные запятые: Он долго вглядывался в страницы, проверял всех незнакомых отправителей — которые, как он понял, были благодарными жителями Великобритании — и всех получателей.
Сравним случаи иного рода, которые приводятся, например, в примечаниях к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Он посмотрел на пепелище, которое окружало его, — какой ужас! — и руки бессильно опустились у него — запятая закрывает придаточную часть сложноподчиненного предложения; Он встал и, прихрамывая — он был на протезе, — подошёл к окну (Кав.) — вставное предложение примыкает к предшествующему деепричастию, и запятая ставится после всей этой конструкции; Я забрался в угол, в кожаное кресло, такое большое, что в нём можно было лежать, — дедушка всегда хвастался, называя его креслом князя Грузинского, — забрался и смотрел, как скучно веселятся большие (М. Г.) — запятая перед первым тире закрывает предшествующую придаточную часть, а запятая перед вторым тире закрывает деепричастный оборот в самой вставной конструкции.
С точки зрения смысла часть он тезка легендарного полководца тесно связана с частью начальника зовут Василием Ивановичем, что заставляет считать ее еще одной изъяснительной придаточной частью, зависящей от глагола сказал. Постановка тире между однородными придаточными частями не упомянута в справочниках по русской пунктуации, но в данном случае если автор выбрал именно этот знак (а он здесь вполне возможен как сигнализирующий о добавочном сообщении), то запятую перед тире ставить не нужно.
Предложение построено не совсем корректно. С союзом ни... ни, усиливающим отрицание, частицу не следует переместить к глаголу и писать раздельно: Внимание жениха привлёк пожилой мужчина в шляпе: ни гостям со стороны жениха, ни родственникам невесты он не был знаком. При утверждении признака, обозначенного кратким прилагательным с приставкой не, не следует использовать союз ни... ни: Внимание жениха привлёк пожилой мужчина в шляпе: гостям со стороны жениха, родственникам невесты он был незнаком.
Запятую после союза но поставить нужно, потому что как говорил известный политический деятель Махатма Ганди — это вводная конструкция с указанием на источник сообщения. Обратите внимание, что прямая речь не оформляется с помощью вводной конструкции и корректным будут следующие варианты постановки знаков препинания: Он получил наказание за нарушение устава, но, как говорил известный политический деятель Махатма Ганди, дела совести не решаются большинством голосов; Он получил наказание за нарушение устава, но, как говорил известный политический деятель Махатма Ганди, "дела совести не решаются большинством голосов".
В этом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как своих воспитанников = «в качестве своих воспитанников» (он выращивал эти деревья), запятая не нужна; если как своих воспитанников = «так же, как любят своих воспитанников» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна.