1. Первый вариант некорректен. 2. Лучше: Занятия проводить с частичным отрывом от производства ежедневно с 15.00 до 18.00 в учебном классе (длительность занятий – 4 академических часа). 3. Как правило, пишется без кавычек.

Уточните, пожалуйста, Ваш вопрос. Вы имеете в виду что-то связанное с графическим выделением (подчеркивать — проводить черту под текстом, буквой) или использование слова подчеркивать в переносном значении 'обращать внимание на важность чего-либо'?

Значение слова описывается в толковых словарях. Приведем словарную статью из «Толкового словаря русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой. 

ИНДУЛЬГЕ'НЦИЯ, -и, ж. У католиков: отпущение грехов, а также грамота о таком отпущении, выдаваемая за особую плату церковью от имени папы римского. Выдать, дать индульгенцию кому-н. (также перен.: дать разрешение на какие-н. действия, поступки; книжн.). Получить индульгенцию (также перен.: получить разрешение на какие-н. действия, поступки; книжн.).

Энциклопедическую информацию об индульгенции можно получить на сайте «Большой российской энциклопедии».

Такое употребление возможно. Сочетание простудить ноги зафиксировано, например, в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. Ср. также: Он часто морщился, потому что простуженные ноги давали себя чувствовать при каждом неловком шаге. Д. Мамин-Сибиряк, Клад.

Одно из зафиксированных нормативными словарями значений глагола проходить в современном русском литературном языке — "регулярно происходить, иметь место где-л., напр.: Книжные ярмарки в Лейпциге проходят ежегодно". Так что выражение "мероприятие пройдет тогда-то" вполне уместно. 

Сочетания допустимы. При выборе примите во внимание их смысловые отличия. Сочетание с предлогом в способно актуализировать идею условий, в которых проводятся занятия (ср. аналогичные обороты: занятия в аудитории, в учебном классе, в лаборатории). Сочетание с предлогом по может подчеркивать инструментальное предназначение технических средств и компьютерных программ, используемых в условиях удаленного обучения (ср. выражения проводить занятия по видеосвязи, по телефону).

Горло – многозначное слово (словари отмечают 4 значения, два из них связаны с человеческим телом). Да, второе значение слова горло – 'общее название зева, глотки и гортани' (т. е. то, что «внутри шеи»): простудить горло, прополоскать горло, в горле пересохло.  Но первое значение этого существительного – именно 'передняя часть шеи': быть по горло в воде, укутать шарфом горло. Сочетание потрогал его горло корректно.

Словарями такое значение не отмечается. См., например, «Большой толковый словарь русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова или «Большой академический словарь русского языка». Однако слова могут употребляться не только в словарном значении, в контексте слово может приобрести новый смысл. Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно проводить лексикологическое исследование. Возможно, значение, о котором Вы спрашиваете, отмечено в картотеках Института лингвистических исследований РАН.

В данном предложении запятая воспринимается, как знак, разделяющий однородные члены. Но вероятно, предполагается иной смысл: проходить сквозь стены только через двери. В этом случае запятую ставить не нужно или можно поставить тире, которое будет подчеркивать значение стоящего после него компонента, добавлять экспрессию: Прохожу сквозь стены через двери или Прохожу сквозь стены — через двери. Возможен и такой вариант: Прохожу сквозь стены. Через двери.