Корректно: В связи с проведением мероприятий в целях транспортного обслуживания прошу Вас сформировать заявку на автомобильный транспорт.
Корректно: представление списков в ФМС России...
Пунктуация корректна. Обратите внимание: знак % нужно отделить от цифры пробелом.
В связи с утерей просим повторно подготовить и выдать копии документов по нижеперечисленным объектам...
Существительное, относящееся к глаголу (а причастие – форма глагола) с отрицанием, может иметь форму родительного или винительного падежа. Если при зависимом существительном есть слова никакой, ничей, ни один, выбирается родительный падеж: не оскорбляющий ничьих религиозных чувств.
Запятая поставлена правильно.
Запятая нужна. Причастный оборот содержащееся в пункте 2 надо выделить запятыми с обеих сторон.
Да, после вводного слова в частности ставится запятая.
Запятая не нужна.
