Орфографически и пунктуационно все правильно (только не хватает буквы в слове средней). Запятые не нужны, Вы правильно указали причину: причастный оборот стоит перед определяемым словом. Вызывает сомнения целесообразность слова водный: поход на байдарках по рекам вряд ли может быть не водным.

Корректно: 1. А те, кто с таким воодушевлением сунул меня в реку, могут понять: их враг все-таки выжил. 2. Мне не нужно многого. Всего лишь чтобы он был согласен пойти со мной. 3. Только вот, встав у зеркала, я на миг замер. / Только вот встав у зеркала, я на миг замер. (Пунктуация зависит от смысла: от того, к какой глагольной форме (замер или встав) относится сочетание только вот.)

Употребление буквы ё в официально-деловых документах, научных работах и текстах иного рода не обязательно, но и не запрещено.

Согласно изданным в 1956 г. «Правилам русской орфографии и пунктуации» ё обязательна для употребления лишь в следующих случаях: 1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, напр.: узнаём в отличие от узнаем, всё в отличие от все; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное) и т. д. 2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова, напр.: река Олёкма. 3. В специальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языка, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения.

В новой редакции «Правил русской орфографии и пунктуации» (2006) было добавлено, что рекомендуется употреблять букву ё для указания правильного произношения слова — либо редкого, недостаточно хорошо известного, либо имеющего распространенное неправильное произношение, например: сёрфинг, флёр, щёлочка, в том числе и для указания правильного ударения, например: побасёнка, осуждённый, новорождённый; а также в собственных именах — фамилиях, географических названиях, например: Конёнков, Неёлова, Катрин Денёв, Дежнёв. При этом по желанию автора или редактора любая книга может быть напечатана последовательно с буквой ё.

Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

Слово атом появилось в русском языке в начале XVIII века и произносилось двояко: а́том и ато́м. Прилагательное атомный фиксируется в начале XX века, оно было характерно для научной речи и имело ударение именно на втором слоге: ато́мный. Современное произношение прилагательного с ударением на первом слоге утверждается в общеупотребительном языке во второй половине XX века. Современная норма характеризует произношение ато́мный как устаревшее и профессиональное. Уместность такого употребления в профессиональной среде определяет сам говорящий, исходя из конкретной речевой ситуации.

Точно назвать год не представляется возможным. Слово конфекта  пришло в русский язык из западноевропейских языков – возможно, из немецкого. Словарями оно фиксируется (в форме конфекты) с 1780 года. Однако как слово, вошедшее в общее употребление, существительное конфекта известно с начала XVIII века.

Форма конфета (без К перед Т) в русском языке, возможно, итальянского происхождения. Она стала употребляться в первой половине XIX века. Словарь Даля отмечает обе формы, при этом в качестве основного варианта предлагая уже форму конфеты. В «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (1936–1940) зафиксированы варианты конфект, конфекта как устарелые и новые просторечные. Но как основной дан вариант конфета. Ко второй половине XX века формы конфект и конфекта перестают употребляться. В «Словаре русского языка» С. И. Ожегова 1949 года они уже не отмечаются.    

Многозначность присуща всем словам, обладающим самостоятельным лексическим значением. Она может проявляться контекстуально (при употреблении слова) либо фиксироваться как литературная норма (узус) словарями.

Урень (город) - мужского рода. См.: Е. А. Левашов. Географические названия. СПб., 2000.

Можно. По желанию автора или редактора любая книга может быть напечатана последовательно с буквой Ё (во всех словах, где она встречается).