Глагол понюхать может быть употреблен без поясняющих слов, но может быть дополнен словосочетаниями типа запах кожи, запах меда, хвойный запах, приятный запах или конструкциями типа не пахнет ли чем, есть ли какой запах. В профессиональной речи парфюмеров, в частности в описаниях ароматических сочетаний продукции и ее аккордов, встречается образное выражение слушать аромат.

Наиболее корректные варианты оформления предложения таковы: Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования, (например, непосредственно или через трансмиссию) или Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования – например, непосредственно или через трансмиссию.

Также возможно без запятой после например: Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования, например непосредственно или через трансмиссию. 

Женская фамилия Клементëнок не склоняется. Склонение мужской фамилии Клементëнок обязательно. Она может склоняться двояким образом. Предпочтительно склонять фамилию без выпадения гласного: Клементëнока, Клементëноку и др.  Допустимо также склонение с выпадением гласного: Клементëнка, Клементëнку и др. Тип склонения вправе выбрать носитель фамилии.

Коммуникативно выделенное слово Арктика действительно выполняет роль приложения к существительному название, находящемуся внутри причастного оборота, и закрывать оборот перед этим приложением было бы странно. Ситуация, когда внутри причастного оборота необходимо поставить тире перед каким-либо коммуникативно выделенным словом, в справочниках не кодифицирована. Но, если перестроить предложение невозможно, тире (без запятой) представляется единственно приемлемым вариантом.

Прилагательное червленый (устар. ‘темно-красный, багряный’) с суффиксом -ен- по происхождению является страдат. причастием прош. времени от глагола чьрвити (‘красить в красный цвет’), производного от червь (красная краска исконно готовилась из определенного вида червей). В корне происходит чередование в // вл, ср.: давить – (без меры) давленный − давленый (виноград).

Запятая перед союзом как нужна, так как оборот с этим союзом не связан тесно со сказуемым (сказуемое имеет законченный смысл без сравнительного оборота), не несет в себе значения отождествления или приравнивания и т. д. О факторах, препятствующих обособлению оборотов с союзом как, см. параграф 42.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Название Экажево без родового слова должно склоняться, так как оно образовано по русской модели с помощью суффикса -ов(о) и связано с именем Экаж и фамилией Экажев (ср. Иваново, Павлово). Однако топонимы на -ово в живой речи обнаруживают тенденцию к утрате склонения. Подробнее об этом можно прочитать в разделе «Азбучные истины». 

Разница словообразовательная: слово плодово-овощной образовано от прилагательных плодовый и овощной, а плодоовощной от существительных плод и овощ с суффиксом -н- (возможно, в истории языка – от существительного плодоовощ(и) с помощью суффикса -н-) Слово с суффиксом в первой части (-ов-) пишется через дефис, без суффикса – слитно.

Слово плодово-овощной употребляется крайне редко и в толковых словарях не фиксируется.