Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно. 

Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический, 

Ответ содержится уже в самом Вашем вопросе: производные предлоги типа в отношении (кого/чего), в соответствии (с кем/чем) и др. образовались в результате того, что предложное значение приобрели застывшие формы именно предложного падежа существительных отношение и сооответствие, тогда как -е на конце предлога в течение указывает на то, что в его основе лежит форма винительного падежа существительного течение.  

Весьма краткий комментарий к возможному употреблению словосочетания технологическая конференция не позволяет дать утвердительный ответ. Прилагательное технологический обычно сочетается с существительными, обозначающими то, что может трактоваться как составная часть или инструментарий технологий, как то, что принадлежит сфере технологий. Понятие конференции опосредованно связано с тем, что имеет прямое отношение к технологиями. Как представляется, для конференции надо подобрать более точное определение. 

Это не вводная, а вставная конструкция, которая содержит дополнительную информацию. (Вводные конструкции выражают отношение говорящего к сообщаемому или указывают на источник информации.) Вставные конструкции выделяются скобками или парными тире: Однажды (было это в конце мая) мы сидели на крыльце и ожидали ужина; Однажды — было это в конце мая — мы сидели на крыльце и ожидали ужина.

Корректно: внесение арендной платы, оплата аренды.

В постановке запятых нет необходимости. Их можно поставить, если надо интонационно подчеркнуть слова при отсутствии мотивированных возражений.

А вот запятую перед если следует убрать: в случае если – составной подчинительный союз.

Корректно: изменения в Конституции... и внесение изменений в Конституцию...

Постановка/непостановка запятой в таких конструкциях вариативна и зависит от того, полагает ли пишущий прилагательные теплый и дружеский однородными либо нет. В первом случае в слове теплый пищущий усматривает значение "добрый, сердечный", во втором — более узкое значение "такой, к-рый выражает ласку, приветливость, сердечное отношение к кому-чему-л.". Заметим, что гораздо чаще прилагательные теплый и дружеский употребляются как однородные.  

Пока смайлики остаются за пределами регламентированного письма и, насколько нам известно, планов по созданию правил для их употребления нет.