Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Правило простое:

После ж, ч, ш, щ не пишутся ю, я, ы, а пишутся у, а, и, например: чудо, щука, час, роща, жир, шить. Буквы ю и я допускаются после этиx согласных только в иноязычных словах (преимущественно французских), например: жюри, парашют (в том числе – именах собственных, например: Сен-Жюст), а также в сложносокращенных словах и буквенных аббревиатурах, в которых, по общему правилу, допускаются любые сочетания букв.

Запятая на стыке союзов в сложноподчиненном предложении ставится, если после первого союза следует одиночный союз в придаточной части: Он почувствовал, что, если теперь он сядет, ему больше не подняться.

Если после первого союза следует двойной союз, то запятая на стыке союзов не ставится. Это случается, когда подчинительный союз имеет в главной части предложения слово то: Он почувствовал, что если теперь он сядет, то ему больше не подняться.

Имя Светлана стало действительно популярным после Октябрьской революции, однако появилось гораздо раньше и никакого отношения к советским аббревиатурам не имеет. Имя было придумано и впервые использовано А. Х. Востоковым в произведении «Светлана и Мстислав» (1802), а широкую известность приобрело после публикации баллады В. А. Жуковского «Светлана» (1813). Эти и многие другие факты приведены в исследовании Е. Душечкиной «Светлана. Культурная история имени».

Правильно и в первом примере, и во втором. А вот и сами правила:

Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится (иначе говоря, запятая, которая должна была «закрывать» вводное слово, переносится в конец обособленного оборота).

Если оборот заключен в скобки, то стоящее в его начале или конце вводное слово отделяется запятой по общему правилу.

Правильное название этого состояния – стокгольмский синдром – отмеченный в последние десятилетия ХХ века психологический феномен, заключающийся в том, что захваченные террористами заложники через некоторое время начинают отождествлять себя с похитителями и сочувствовать их интересам и требованиям. Синдром получил название стокгольмского после захвата заложников в шведской столице в 1973 году, поэтому название «синдром Хельсинки» («хельсинкский синдром») неправильно (считается, что оно получило распространение после того, как было ошибочно использовано в американском фильме «Крепкий орешек»).

1. После Ц пишется Ы в суффиксе прилагательных -ын: сестрицын, лисицын, Троицын день. Однако в русских фамилиях после Ц может писаться как Ы, так и И – в соответствии с традицией и с регистрацией в официальных документах. Ср.: Солженицын, но Ельцин, Вицин. Вашу фамилию надо писать так, как она зафиксирована в Вашем паспорте.

2. Остановите – форма изъявительного наклонения, остановите – повелительного. Если предложение вопросительное, верно: остановите? Если предложение восклицательное, верно: остановите!