В данном случае возможно использование кавычек (чтобы подчеркнуть, что слово употреблено в переносном значении).
Запятые поставлены правильно.
Запятые не нужны.
Возможно так: Первая каста, самая почитаемая, - жрецы.
Кавычки в этом случае не используются.
Да, нужно.
Правильно: святая инквизиция.
Правильно: Первая мировая война, Вторая мировая война, Петровские реформы.
С исторической точки зрения в греческом по происхождению слове протагонист можно выделить часть прот- (греч. πρῶτος «первый») и часть агон(ист) (греч. ἀγωνίζομαι «состязаюсь», ἀγωνιστής «борец») — этот же корень можно увидеть в словах агония, агон (состязание).
Верная пунктуация: Спустя год, незадолго до того, как была создана организация, были опубликованы некоторые документы. Некоторые документы были опубликованы незадолго до того, как была создана организация.