А что тогда понимать под "господствующей церковью"?

Вероятно: Под батареями, бывшими в употреблении, понимать… 

Употребление этого китайского названия в русском языке сопровождается родовым варьированием. Как можно судить по научным, публицистическим и художественным текстам, авторы принимают во внимание род опорного слова, например: оружие, меч, алебарда. Не исключено, что знатоки учитывают принадлежность мужского имени Гуань. Как представляется, автору можно рекомендовать принять одно (не вариантное) грамматическое «решение» и его воплощать в тексте. 

Да, это тоже согласование: зависимое слово уподобляется в выражении грамматических значений главному слову, т. е. принимает форму того же числа и падежа (пятого класса, о пятом классе, пятых классов). Заметим, что в научной грамматике (в отличие от школьной) нет понятия 'порядковые числительные'; такие слова, как первый, второй, пятый, сотый, согласно научной грамматике – счетно-порядковые прилагательные.

Слова в принципе могут выделяться как вводные в значении 'словом, короче говоря, в сущности': он, в принципе, человек хороший... Как обстоятельство в значении 'в основном, в целом, принципиально' в принципе не обособляется. На практике различить вводное слово и обстоятельство в принципе зачастую крайне затруднительно; окончательное решение о постановке запятых в таких случаях принимает автор текста.

Склонение мужской фамилии Авдеёнок обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Авдеёнка, Авдеёнку и т. д.) и с сохранением гласного (Авдеёнока, Авдеёноку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Склонение мужской фамилии Коток обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Котка, Котку и т. д.) и с сохранением гласного (Котока, Котоку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Здесь возможны варианты. Обстоятельства осенью 1943 года и в самый разгар войны с фашистской Германией можно рассматривать как однородные и произносить с перечислительной интонацией. В этом случае запятая не нужна. При этом оборот в самый разгар войны с фашистской Германией может выполнять роль пояснительной конструкции и соответственным образом оформляться интонационно. Тогда запятая необходима. Решение принимает автор текста.

Буква а пишется в словах, связанных по значению с прилагательным равный 'одинаковый'. Буква о пишется в словах, связанных по значению с прилагательным ровный 'гладкий, прямой, без неровностей'. Поэтому написание зависит от смысла. В случае с кустами возможно двоякое толкование: их делают одинаковыми / их делают ровными, гладкими, прямыми. Поэтому возможно и двоякое написание. Решение в таких случаях принимает автор текста.

Запятыми выделяются конструкции с союзом как, имеющие дополнительное обстоятельственное значение причины. Обороты, в которых союз как заменим на в качестве, обособлять не следует. В Вашем предложении возможны оба прочтения: документирование генерирует... т. к. является начальным этапом учетного процесса и документирование в качестве начального этапа учетного процесса... Решение принимает автор. От знаков препинания будет зависеть смысл фразы.