Ответ на Ваш вопрос содержится в следующем документе: ОСТ 91500.05.001.00 «Стандарты качества лекарственных средств. Основные положения». В разделе «Термины и определения» указано:

Лекарственные средства – вещества, применяемые для профилактики, диагностики, лечения болезни, предотвращения беременности, полученные из крови, плазмы крови, а также органов, тканей человека или животного, растений, минералов методами синтеза или с применением биологических технологий. К лекарственным средствам относятся также вещества растительного, животного или синтетического происхождения, обладающие фармакологической активностью и предназначенные для производства и изготовления лекарственных средств;

Лекарственные препараты – дозированные лекарственные средства в определенной лекарственной форме.

Сочетание я сказал (я сказала), выражающее побуждение к прекращению или совершению каких-либо действий с оттенком угрозы, недовольства, возмущения и т. п., употребляемое в качестве дополнительной, повторной реплики для усиления значения побуждения, представлено лишь в «Синтаксическом фразеологическом словаре русского языка» В. Ю. Меликяна (М., 2013). В этом словаре содержится описание нечленимых предложений типа Вот это да!, Ну и как? и мн. др. Сочетание я сказал, таким образом, следует рассматривать в этом ряду. Постановка знаков препинания в случае, если подобный синтаксический фразеологизм включен в бессоюзное сложное предложение (в частности, является его первой частью, как в Ваших примерах), в справочниках по русской пунктуации не кодифицирована. Можно рекомендовать поставить запятую, как универсальный знак, отделяющий одну часть сложного предложения от другой (Я сказала, замолчи!), либо тире в соответствии с интонацией (Я сказала — замолчи!).

Склонение мужской фамилии Нарубай обязательно. Языковое происхождение фамилии в данном случае не имеет значения, важно, что фамилия кончается на согласный. Мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются.

Слово "происхождение" правильнее описывает названную вами проблему, чем "национальность". У фамилии нет национальности. Фамилии Ковальский, Сташевский могут происходить из польского языка. Вот хорошая книга о фамилиях.

Такое значение указано в «Большом толковом словаре», толковом словаре С. И. Ожегова и других.

Слово муниципальных в данном случае относится и к образованиям, и к организациям.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Отсутствие фразеологизма в словарях или его иностранное происхождение не означает, что к нему неприменимы пунктуационные правила. Приведенная Вами фраза, безусловно, фразеологизм, поэтому обе запятые перед что не нужны.