В линейной схеме сложноподчиненного предложения подчинительный союз записывается внутри круглых скобок, так как он находится в  придаточной части (в отличие от сочинительного, находящегося между частями сложносочиненного предложения). См., например, схемы в пособии Е. И. Литневской «Русский язык. Краткий теоретический курс для школьников». 

Вы написали всё верно.

Здесь авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. О таких случаях идет речь в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Из всех многочисленных значений слова а, фиксируемых словарями, ближе всего к значению, которое имеет это слово в приведенном контексте, находится значение междометия, выражающего решимость с оттенком досады, отчаяния (см. значение 4 в словарной статье слова а — междометия). В данном случае досады и отчаяния не наблюдается, однако выражена решимость говорящего «отменить» только что сказанное, то есть, так или иначе, некая эмоция. Следовательно, перед нами междометие, а междометия выделяются знаками препинания. Таким образом, запятая после а вполне уместна. 

С точки зрения синтаксиса часть, которая начинается с это, занимает позицию именной части составного именного сказуемого. Вместе с тем после это идёт, очевидно, некая цитата. Учтём, что подлинные выражения, вставленные в текст в качестве элементов предложения, выделяются кавычками, но двоеточие перед ними не ставится (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, примечание к параграфу 50). Вполне можно допустить, что это действительно кем-то написанное (например, в рабочей переписке) высказывание. Впрочем, маловероятно, что часть, начинающаяся с А, нет, является частью того же сообщения. Более естественно было бы считать, что она отправлена отдельным сообщением, вслед первому. Можно допустить и другое: что это запись чьего-то устного высказывания. В таком случае мы можем не сохранять пунктуацию источника и оформить высказывание, корректно разделив его на предложения: Русская пунктуация — это «Здравствуйте, Мария! Ответьте, пожалуйста, Андрею: там, кажется, вопрос, который, очевидно, не решен... А, нет, решен, отбой». 

Корректно: № 1–6.

Определения мрачный и пустынный в общем случае характеризуют берег с разных сторон: мрачный говорит о производимом им гнетущем впечатлении, пустынный — об отсутствии на нём людей, животных, растений. Следовательно, запятая между ними не нужна. Другое дело, что второй из этих признаков тоже может производить гнетущее впечатление. Если требуется подчеркнуть это в художественном тексте, то определения можно счесть однородными и поставить между ними запятую.

Да, сочетание по (каким-либо) оценкам в подобных контекстах тоже вводное.

В правилах правописания представлен лишь один случай отсутствия пробелов при тире – позиция между цифрами. К сожалению, в справочниках нет прямого указания на то, когда пробел нужен, а когда нет, и читателю приходится ориентироваться лишь на примеры.

Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина 2006 г. рекомендует ставить тире в цифровой записи при указании на количество, примеры даются без пробелов: человек 12–15; ей лет 30–35; рублей 200–300; это было году в 1950–1951-м (раздел «Орфография», § 118, прим. к п. 5); явление не XVIII–XIX веков, а более позднее; рукопись объемом 10–15 авторских листов (раздел «Пунктуация», § 19).

Пробел между тире и цифрами – как арабскими, так и римскими – избыточен. Пробел между тире и словами необходим, поскольку тире чаще служит для соединения и разделения не отдельных слов, а неоднословных членов предложения (определяемого члена предложения и приложения, частей сложного предложения и др.). Также оправданно тире между цифрами и между словесно-цифровыми соединениями, если хотя бы один компонент из пары содержит пробел, например: 900 – 2 500, в конце ХIХ – начале ХХ века, в III в. до н. э. – I в. н. э.

К общим рекомендациям можно добавить, что пробелы при тире между римскими цифрами иногда появляются под влиянием текстовых условий, как оформительское решение. Так, в параграфе о соединительном тире «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 г. римские цифры отделяются от тире пробелами (вероятно, по аналогии с предыдущим примером): Перелеты СССР – Америка; Рукописи XI – XIV вв. (§ 178). При этом на других страницах книги (например, в оглавлении) никаких пробелов между цифрами нет.

Спасибо за найденное противоречие. Ответ на вопрос 306803 уточнен.

В обоих случаях перед нами сложное предложение, союз и присоединяет отдельную грамматическую основу в нём, поэтому знак препинания перед союзом нужен. Этим знаком может быть либо запятая (по общему правилу), либо тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).

Надпись представлена как подлинное выражение, включённое в текст, поэтому её точно нужно заключить в кавычки и начать с прописной буквы. Другой вопрос, требуется ли перед ней двоеточие. В примечании к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя приводятся, с одной стороны, примеры типа Он вспомнил пословицу  «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана, с другой — примеры типа Мимо станции проносились скорые поезда с табличками на вагонах: «Москва — Владивосток». Там же отмечено, что двоеточие ставится, если перед подлинным выражением имеются слова предложение, выражение, надпись и т. п. Но, судя по всему, дело в другом: в примерах с двоеточием подлинное выражение, включённое в текст, завершает собой предложение, в примерах без двоеточия — находится в середине предложения. Таким образом, корректно будет такое оформление: На столе стояла кружка с надписью: «Маме», но Кружку с надписью «Маме» кто-то убрал со стола.