Это сочетание написано верно.
Д. п. - Марии.
Правильно: ячменём.
Оба варианта стилистически неудачны из-за нанизывания падежей. Если Вам нужно воспроизвести название исторического документа, то пишите так, как в этом документе.
Здесь верно: замечательным коллегой.
Правильно: пришло время отдыха.
Верно: Каторжного.
Для ответа на такой вопрос необходимо увидеть предложение целиком.
Начальная форма на -а в текстах прошлого не редкость. В современной речи слова типа домишко также часто склоняются как существительные 1-го склонения: моего домишки, моему домишке, моим домишкой. Однако такое употребление считается разговорным. Строгая литературная норма устанавливает следующее разграничение: слова, образованные от неодушевленных существительных мужского рода при помощи суффикса -ишк-, оканчиваются на -о и изменяются по 2-му склонению (мой домишко, моего домишка, моему домишку, моим домишком), а слова, образованные при помощи того же суффикса от одушевленных существительных мужского рода, оканчиваются на -а и изменяются по 1-му склонению (мой зайчишка, моего зайчишки и т. д.).
При отрицании возможен как родительный, так и винительный падеж. См. подробнее в «Письмовнике».