В официальной письменной речи принято все эти слова писать с прописных букв: Государственная Дума, Совет Федерации. Почему именно так - вопрос традиции.
Четких правил, как писать названия специальностей, нет. Мы рекомендуем писать названия специальностей в кавычках с маленькой буквы, в том числе если они состоят не из одного, а из нескольких слов.
Вы имеете в виду форму, в которой должно стоять сказуемое при таком подлежащем? Сказуемое в таких случаях согласуется с родовым словом (предприятие). Например, верно: Государственное унитарное предприятие "Научно-исследовательский и проектный институт Генерального плана города Москвы" провело конференцию...
Названия должностей пишутся строчными буквами (кроме некоторых высших государственных должностей).
Названия должностей (кроме некоторых высших государственных должностей) пишутся строчными буквами.
Предложение построено неверно. Правильно: О прекращении доступа сотрудника к государственной тайне.
Наименование должности (кроме некоторых высших государственных должностей) пишется со строчной (маленькой) буквы.
Правильно: заместитель руководителя. С большой буквы пишутся только названия высших государственных должностей.