Помета "разговорно-сниженное" означает, что стилистически оправдано употребление этого слова в разговорной речи при фамильярном бытовом общении. 

Верная пунктуация: Это решение было сложным, но, если оно поможет остановить вирус, мы готовы. В сложноподчиненном предложении может ставиться тире вместо запятой, но обычно это бывает, если придаточное находится в начале предложения, а не между двумя главными, как в данном случае.

Ваши сомнения оправданны. На первый взгляд может показаться, что недочитать и не дочитать означают одно и то же и достаточно одного раздельного написания. Однако есть контексты, которые подтверждают правильность фиксации в словаре слова недочитать, позволяют почувствовать специфические оттенки значения, отличающие недочитать от не дочитать. 

Если не прочитать это произведение, многое в поэзии Дорожкиной можно недочитать, недочувствовать, недопонять, а самого автора недолюбить.

И эту жизнь надо прожить достойно, потому что обещали тем, кто недомечтал, недочитал, недоучил, не дожил.

Возможно, потому, что им самим в детстве недочитали сказок родители.

Поэтому лучше перечитать, чем недочитать.

В этих предложениях нет значения прерванного, не доведенного до конца процесса чтения (ср. с не дожить из примера выше), здесь недочитать имеет значение 'читать мало, недостаточно' и раздельное написание невозможно.

Правило простое: если суффикс -иров- есть в инфинитиве глагола, он сохраняется и в причастии: авторизовать - авторизованный, автоматизировать - автоматизированный и т. д.

Начальная форма глагола в свою очередь проверяется по словарю, здесь общего правила нет.

Вы справедливо отмечаете, что одушевленные существительные среднего рода встречаются. Почему эти существительные одушевленные? Это связано с их лексическим значением (т. е. соотнесенностью с "живой природой").

Запятая после слова существенные не нужна.