В этом предложении сочетание по расчетным данным указывает на источник информации и является вводным. Обратите внимание, что перед союзом и запятая не нужна, так как он соединяет однородные сказуемые: Толщина определяется расчетом и, по расчетным данным, составляет 1200 мм для цилиндрической части и 1000 мм для купола.

Двумя запятыми выделен деепричастный оборот (вторая из них к тому же поставлена перед союзом но между частями сложносочиненного предложения); запятая разделяет однородные сказуемые не просил и чернел, соединенные бессоюзной связью; запятая поставлена между однородными определениями сером и блестящем посередине от масла (первое из них одиночное, второе распространенное).

Важно помнить, что спряжение определяется по неопределенной форме только у глаголов с безударными окончаниями в настоящем или простом будущем времени. Если перед показателем инфинитива -ти или -ть стоит согласная буква, глагол относится к 1-му спряжению. Подробнее об определении спряжения глагола см. в разделе «Горячие вопросы».

Правило «одной запятой» при пояснительных членах предложения касается только согласованных определений, стоящих перед определяемым словом: особенная, тяжёлая духота; наша, человеческая точка зрения; тридцатая, последняя верста. К этому ряду относится и сочетание пятая, решающая игра. Все другие пояснительные члены предложения (несогласованные определения, обстоятельства и т. д.) выделяются с двух сторон.

В предложении, приведенном в вопросе, запятая перед союзом и поставлена для того, чтобы закрыть причастный оборот связанной с развитием сотрудничества. Если бы причастного оборота не было, то запятые в этом предложении были бы не нужны: Внести изменения в Правила осуществления деятельности и в Положение о регулировании такой деятельности.

Запятая перед одиночным определением следующим не нужна; знаки препинания в сочетании начальнику управления Иванову И.И. не требуются. Оборот с союзом как в приведенном предложении имеет значение  приравнивания, отождествления (не сравнения), а потому не нуждается в обособлении: Осуществить закупку [у] ООО «Наименование» как у единственного поставщика.

Если рассматривать слова "по большому счету" как вводные (в знач. "собственно говоря"), то их следует выделить запятыми, тире при этом ставить не нужно. Если же указанные слова выступают в наречном значении (в знач. "в общем и целом"), то их обособление не требуется, при этом ставится тире перед словом "это".

Запятая не нужна. Если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, или, либо и т. д., запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения не ставится. Ср.: Не представлял себе и как выбраться из создавшегося положения; Я знаю и как это делается.

Обстоятельство после создания альтернативной дороги нужно обособить: оно поясняет обстоятельство в 2014 году. Перед союзом и запятая будет не нужна, если ученым удалось полностью раскрыть мозаику в 2014 году (когда работы были возобновлены), и нужна, если это произошло позже (работы могли вестись не только в течение 2014 года).

Два тире в предложении действительно не лучший вариант пунктуации. Однако нужно учитывать, что в некоторых случаях постановка тире обязательна (как, например, перед словом это), а в других факультативна. Корректно: Поэтому всё, что нам оставалось, — это радоваться вкусным посылочкам (огурчикам, помидорчикам, яблочкам) и наслаждаться вкусными продуктами в путешествиях.