Витя может использоваться как уменьшительное к Виталий (хотя гораздо чаще используется как уменьшительное к Виктор). «Словарь русских личных имен» Н. А. Петровского указывает:

ВИТАЛИЙ, -я, м.
Отч.: Виталиевич, Виталиевна и Витальевич, Витальевна.
Производные: Виталя; Таля; Вита (Витя); Витася; Витаха; Виташа; Витуля (Витюля); Витюня; Витюха; Витюша; Витяна.
[Лат. vitalis — жизненный.]

Это сочетание пишется со строчной буквы, ср.: детский сад, школа, институт, издательство. Например: В поселке не было дома престарелых, но две школы и полтора детских садика были. Однако это сочетание может употребляться как индивидуальное название конкретного учреждения, например: Дом этот открыли после войны, назывался он при основании Дом престарелых.

Лучше выбрать первый вариант: Остальных подростков зовут Лиам и Чарльз по прозвищу Пончик.

Запятая перед по прозвищу ставится или нет в зависимости от интонации. Дело в том, что приложение, присоединяемое словами по прозвищу, может выделяться запятыми, если нужно передать соответствующую интонацию. Если интонации обособления нет, запятая не нужна.

Может быть, "генеральной директрисы"?  :)

Если говорить о названии должности безотносительно к полу лица, эту должность занимающего, то верно: помощник заместителя генерального директора.

Если нужно подчеркнуть, что помощник - женского пола, то корректно: помощница заместителя генерального директора.

А вот пол заместителя и директора в данном случае уточнять не обязательно. 

Существительное, относящееся к глаголу с отрицанием, может иметь форму родительного или винительного падежа, например: не прочитал этой статьи – не прочитал эту статью. В одних случаях тот или иной падеж является предпочтительным, а в других существует равная возможность употребления как родительного, так и винительного падежа. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».

По основному правилу между подлежащим и сказуемым, выраженными существительными, тире ставится.

Но тире может не ставиться, если в письменной речи отражено произношение с логическим ударением на сказуемом. Таким образом, если логическое ударение падает на слова еврей и армянка, это предложение можно писать как с тире, так и без них.

Судя по всему – вводное сочетание. Вводные слова и сочетания обычно не отделяются знаком препинания от присоединительного союза, стоящего в начале предложения: Но судя по всему, на этом власти намерены поставить точку. Но запятая может быть поставлена, если вводное сочетание судя по всему выделяется интонационно. Окончательное решение принимает автор текста.

Пунктуация зависит от значения (и роли в предложении) слов кроме этого.

Это могут быть вводные слова, и тогда запятые нужны. Это может быть оборот со значением "дополнительно, вдобавок к чему-либо". Такие обороты чаще выделяются запятыми, но могут и не выделяться. Подробнее об этом см. в "Справочнике по пунктуации".

Написание зависит от смысла. Слитное написание подчеркивает утверждение (утверждается нежизнеспособность), раздельное написание подчеркивает отрицание. Решение о слитном или раздельном написании принимает автор текста.

При этом слово абсолютно может употребляться в сочетаниях обоих типов. Замена слов иногда помогает принять решение: абсолютно нежизнеспособна = полностью нежизнеспособна; абсолютно не жизнеспособна = вовсе не жизнеспособна.