Наличие или отсутствие слова большим никак не влияет на пунктуацию. В обоих случаях возможны варианты с запятой и без запятой. Запятая нужна, если оборот написанная мелким почерком имеет дополнительное обстоятельственное значение причины: рукопись читалась с (большим) трудом, потому что была написана мелким почерком (при чтении после почерком делается пауза): Написанная мелким почерком, рукопись читалась с трудом. Написанная мелким почерком, рукопись читалась с большим трудом. Если такого оттенка значения нет и паузы после слова почерком нет, запятая не нужна.
Гамбургский счет – об оценке чего-нибудь без скидок и уступок, с предельной требовательностью. Из сборника критических статей В. Шкловского под названием «Гамбургский счет» (1928). В предисловии Шкловский писал, что выражение по гамбургскому счету услышано им от бывшего циркового борца. Борцы будто бы съезжались в Гамбург и проводили закрытый турнир для выяснения истинной силы каждого. Но, по-видимому, гамбургский счет - собственное выражение Шкловского. По предположению Л. И. Скворцова («Вопросы культуры речи», 1965, вып. 6), отсюда возникло выражение по большому счету.
Правила нет, это словарный материал. Какие-то слова закрепились в единственной форме с двух- или дву-, какие-то живут в вариантах. Проверить конкретное слово можно с помощью словарей нашего портала.
О фонетическом фактрое выбора части двух- или дву- писал Д. Э. Розенталь. О других закономерностях можно прочитать в книге Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской «Грамматическая правильность русской речи» (к сожалению, в свободном доступе в интернете этой книги нет). Некоторые закономерности описаны в ответе на вопрос № 172716.
Не следует смешивать географические названия «официальные» и образные. Правило, которое Вы приводите, касается собственно географических названий: пик Пионеров – это не образное, переносное название горы, а ее действительное, реальное наименование (так она и будет обозначаться на географических картах, в отличие от города Иваново, который, понятно, ни на одной карте не будет обозначен как город невест). Поэтому аналогии между пиком Пионеров и Городом невест быть не может; применительно к образным названиям стран, городов действует другое правило: в таких названиях с прописной буквы пишется первое слово.
Выражение из Библии: «Я полагаю на Сионе камень, камень испытанный, краеугольный, крепко утверждённый». В русский язык выражение пришло из старославянского, первоначальное значение -- «камень, лежащий в основании какой-л. постройки». Как писал шанский в 1985 году, в русских сёлах ещё и сейчас под угол дома кладут большие камни. Выражение заимствовано старославянским языком из древнегреческого, где оно было двусловным термином (от akron «вершина», «край, конец», «граница» и horia «угол») и восходит к строительному термину.
Словарные данные о глаголе поместиться подтверждают Вашу правоту. Впрочем, в Национальном корпусе русского языка находим много примеров сочетания «помещаться куда-л.», причем этот вариант нельзя назвать новым, ещё в XIX веке писали: Особенно долго возился он с письменным столом, который никак не хотел поместиться в назначенный для него простенок... [И. С. Тургенев. Накануне (1859)]; Обыкновенно пустующий в это время года дорогой курьерский поезд наполнился пассажирами (...). Но далеко не все поместились в вагоны. [Вл. А. Гиляровский. Солнечное затмение под Москвой (1887)].
Правильно: Приложение: 1. ... 2. ... (согласно ГОСТ Р 6.30-2003).
См. ГОСТ Р 6.30-2003: «Если письмо имеет приложение, не названное в тексте, то указывают его наименование, число листов и число экземпляров; при наличии нескольких приложений их нумеруют, например: Приложение: 1. Положение об Управлении регионального кредитования на 5 л. в 1 экз. 2. Правила подготовки и оформления документов Управления регионального кредитования на 7 л. в 2 экз.».
Правильно: согласно ГОСТу. Но (с номером): согласно ГОСТ Р 7.0.12-2011