Правила не менялись одномоментно. Есть несколько достаточно авторитетных справочных изданий, в которых рекомендации совпадают не во всем. Эти расхождения могут отражать как разные взгляды авторов, так и эволюцию языковых явлений. Отделять знак сноски (цифру, звездочку и под.) пробелом или нет от слова — вопрос скорее не пунктуационный, а графический. Вполне логично в его решении придерживаться специальных рекомендаций. Однако заметим, что в справочниках Д. Э. Розенталя в разделе «Последовательность знаков при сноске» и при оформлении сносок в тексте единообразия нет (мы посмотрели «Справочник по правописанию и литературной правке» 1967 и 1985 гг. и «Справочник по пунктуации для работников печати» 1984 г.).

В настоящее время можно говорить о том, что оба варианта являются нормативными. Да, вариант скучаю по вас постепенно уходит из языка, но вряд ли его уже можно назвать устарелым, скорее – устаревающим.

За справкой о склонении собственных имен нужно обращаться к «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, к «Словарю собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко.

Правильно: Аллин папа.

Нужно верить бумажной (более современной) версии. В электронном издании мы исправим это разночтение.

Такое бывает: новые слова первое время могут испытывать колебания в написании, что отражается словарями. Общее правило для подобных случаев: главный словарь, по которому мы определяем написание слова, – орфографический. Правильно: рэпер (как в орфографическом словаре). 

Правильны оба решения. Выделение корня известн- – верный разбор с точки зрения современного состояния русского языка. Выделение приставки из- и корня -вест-  – верно с точки зрения истории слова (когда-то оно образовалось от этого корня с помощью приставки из-). Но в современном русском языке слова известный и весть уже ушли далеко друг от друга, поэтому словарь разбирает прилагательное известный как слово, где приставка уже срослась с корнем. Такой подход, конечно, тоже возможен.

Увы, в школьном курсе русского языка совершенно нет идеи, что в языке во многих случаях возможны варианты (произношения, написания, употребления и т. д.), в том числе и варианты разбора слова по составу. Школа очень часто требует только одного правильного ответа, даже тогда, когда один-единственный ответ дать невозможно.

В русском языке закрепилось ударение на первом слоге и в названии башни, и в фамилии ее создателя, хотя оно и не соответствует ударению во французском языке. В этом нет ничего удивительного: принятое в русском языке ударение в иноязычных именах собственных нередко отличается от ударения в языке-источнике.

Пунктуация верна.

В сочетании с существительными мужского и общего рода возможны варианты: трое человек, три человека. Подробно см. в Письмовнике.