Да, кавычки уместны, они помогут обратить внимание адресата текста на необычное употребление слова. Кавычки можно не ставить в тексте для подготовленного читателя (например, в издании для автолюбителей), если нет сомнений в том, что смысл сочетания будет понятен читателю и без кавычек.

Запятая нужна: Я подробно описала программу модуля, как вижу её я.

Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Вы правы, такое употребление некорректно. Возможные варианты: квартира с двумя уровнями, двухуровневая квартира. Также может иметься в виду квартира на двух этажах, двухэтажная квартира.

Слово эхо не употребляется во множественном числе и не имеет такой формы. Предложение следует перестроить, используя синонимы, например: ...двух отраженных сигналов.

В таком случае дефис заменяется знаком тире (с пробелами). Правильно: летучие мыши – вампиры.

Оба варианта корректны. Предложение можно рассматривать как простое, с подлежащим собрать и сказуемым задача (между ними необходимо тире), а можно — как бессоюзное сложное, первая часть которого представляет собой номинативное предложение (поскольку во второй части содержится объяснение, перед ней нужно двоеточие). 

Правильно: я вижу коров. Одушевленные существительные первого склонения в винительном падеже мн. ч. совпадают по форме с родительным падежом. 

Прошу прощения и извините - синонимичные формулы вежливости.

Вариант эрмит-гауссов пучок корректен.