Первые варианты являются правильными: сравнение эукариот и прокариот. См. в электронном орфографическом словаре.

В данном случае кавычки не нужны. Это не прямая речь, а слова, не имеющие конкретного автора. Обратите внимание: в приведенном Вами тексте есть орфографические и пунктуационные ошибки.

Разница прежде всего в том, что ПТУ – буквенная аббревиатура (т. е. читается по названиям букв: [пэтэу]), а вуз – звуковая (т. е. читается не по названиям букв – [вэузэ] – а как обычное слово). Впрочем, подавляющее большинство аббревиатур – и буквенных, и звуковых – пишутся прописными буквами. Строчными буквами пишутся только некоторые (немногие) звуковые аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: вуз, втуз, дот (от долговременная огневая точка), дзот. Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами: ЗАГС и загс. Отдельные буквенные аббревиатуры могут писаться двояко – по буквам и по их названиям: БТР и бэтээр. В случае возникновения сомнений следует обращаться к орфографическому словарю.

Из истории: традиции написания аббревиатуры вуз строчными буквами – уже более полувека. В «Справочнике по орфографии и пунктуации для работников печати» К. И. Былинского и Н. Н. Никольского (М., 1952) читаем: «...Сложные сокращенные слова, обозначающие нарицательное имя и читаемые не по названиям букв, а как обычные слова, пишутся строчными буквами: вуз, вузы, нэп, при нэпе и др.». 

1. Сочетание не зафиксировано академическим орфографическим словарем, но написание можно установить по правилу и аналогии: лук криспи, как картофель фри, цыпленок гриль. 

2. От приставочного глагола сов. вида образуется слово с двумя н: запечь — запеченный. Если слово масло относится к слову запеченная (фасоль запекали в чесночном масле, а не добавляли масло после запекания), то образуется причастный оборот, который нужно обособлять. 

Прилагательное уфимский уникально. В прочих прилагательных, образованных от подобных географических названий, используется согласный Н: арагвинский, тувинский, увинский.

1. Однако в начале 1984 года он порвал эти отношения, и перешел в глубокое противостояние с правительством Афганистана, и начал активные действия против советских войск. 

2. Корректно раздельное написание.

Спасибо! Очень сильно - корректное сочетание.

Между частями сложносочиненного предложения ставится запятая, в том числе если они соединены союзом и: Солнце зашло, вино выпито, и задание тоже выполнено.

Это некрасиво, конечно.

Правильно:

В документах ООО «ТИП», с 1998 года переименованного в ОАО «ТИП-2», содержатся следующие сведения... (обособляется определительный оборот, стоящий после определяемого слова).

Других работников с ФИО Иванов Иван Иванович в документах предприятия не значится (нет основания для запятой).