Вы не вполне правы. В параграфе 43 «Правил русской орфографии и пунктуации», изданных в 1956 году (как, впрочем, и в параграфе 73 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации», изданного в 2006 году), речь идет об орфографии — о том, что в этих формах пишется окончание -ом, а не -ым. Родовые слова приведены здесь, как представляется, скорее для ясности — что это селом Крюковом, а не гражданином Крюковым. Кстати говоря, в 1956 году все-таки столь сильной тенденции к несклоняемости, как сейчас, еще не было, такой пример вполне мог соответствовать книжно-письменной речи того времени.

А в «Письмовнике» речь идет о грамматике — о том, что в современной речи при наличии родового слова названия на -ово, -ево, -ино, -ыно не склоняются. Но если бы мы их стали склонять, воспроизводя старые грамматические нормы, то в этом склоняемом варианте, в соответствии с орфографическим правилом из параграфа 43 Правил-1956 и параграфа 73 полного академического справочника, писали бы окончание -ом: «История села Горюхина» — под селом Горюхином.

Предмет мебели – корректное сочетание. Кроме того, в разговорной речи для обозначения одного предмета, одной вещи из обстановки какого-либо помещения используется и само слово мебель: Не царапай мебель! 

В разы – просторечное выражение. Его употребление выходит за рамки литературного языка, но называть в разы таким же оскорбительным для слуха, как матерная брань, мы бы не стали. Всё-таки обиходно-сниженная речь и сквернословие – разные вещи.

Правильно: будьте воспитанны, будьте собранны. Это краткие прилагательные. Ср.: дети воспитаны бабушкой, вещи заботливо собраны женой – краткие причастия.

Слово зебра 'пешеходный переход' пишется без кавычек: это значение уже зафиксировано словарями и не является новым, непривычным.

Мы не предлагаем ставить запятую, а говорим о допустимости запятой, это всё же разные вещи. Кстати, и в запятой в адресованной водителям фразе Осторожно, дети! мы не видим особого криминала (при всё той же предпочтительности двоеточия).

Мы бы назвали все это представительской продукцией (так как флажки не документация). Здесь следует использовать слово представительский, так как эти вещи используют представители (люди, представляющие компанию). Значения слова представительный Вы можете узнать в разделе "Проверка слова".

Оба варианта предложения некорректны, так как сопоставить ("сравнивая, соотнести друг с другом для получения каких-л. выводов") можно только вещи одного порядка. Сопоставлять растения и особенности так же невозможно, как сравнивать, например, мягкое и быстрое. 

Да, это правило здесь применимо, запятые нужны.

Глагол умереть применим и к животным тоже.

Вот примеры из классиков.

Мыши вообразили себе, что кот умер, и высыпали из всех своих нор, чтобы праздновать свое торжество. Но кот не умер, а только притворился умершим, чтобы тем удобнее рассмотреть своих врагов и узнать их норы (Салтыков-Щедрин). Бакай хотел мне что-то сказать, но голос у него переменился, и крупная слеза скатилась по щеке ― собака умерла; вот еще факт для изучения человеческого сердца (Герцен). Собака умерла в сильных мучениях ― мысль о стрихнине была оставлена (Ходасевич).

Предложение Кот умер полностью корректно.