Разницы нет.
Ничем. Это равноправные орфографические варианты.
Зональный соотносится с существительным зона в значениях: 1) географический пояс и 2) территория, область, а зонный – с тем же существительным в значениях: 1) территория, область и 2) место отбывания наказания.
Аппарат - заимствованное слово; удвоенная П пишется в соответствии с написанием в языке-источнике.
Эти слова обычно выполняют функцию союза и не обособляются, хотя иногда их выделяют как вводные при соответствующей интонации.
Если у этого предложения нет продолжения, то запятую ставить не нужно.
Запятая ставится. Лучше: ...с тех пор, как...
Глаголы уплатить и заплатить совпадают в значении "отдать деньги в возмещение чего-либо": заплатить за квартиру – уплатить за квартиру. Таким образом, они синонимичны.
Однако в значении "возместить, воздать" употребляется только глагол заплатить: заплатить злом за добро (но не уплатить).