Правильно: ...мою школьную подругу.
Такое употребление некорректно. Предложение следует перестроить.
Здесь слово кроме используется в значении «дополнительно, вдобавок к чему-либо». В таких случаях запятая после оборота с предлогом кроме не ставится. Но и написание с запятой тоже не будет ошибкой.
Нет, выражение согласно кивнуть головой не является плеоназмом. Одно из значений глагола кивать — "(чем) слегка наклонять и вновь поднимать голову (в знак приветствия, согласия, одобрения и т. п.)"., то есть кивок может выражать не только согласие. См.: Он согласно кивнул головой. Она сжала его руку и спросила... [Н. С. Лесков. Зимний день (1894)]; Клим Иванович согласно кивнул головой [Максим Горький. Жизнь Клима Самгина. Часть 4 (1928-1935)]; Тот согласно кивнул головой и сказал... [Василий Шукшин. Критики (1964)].
Житель Уганды - угандиец.
Да, здесь также возможны варианты.
В контексте перечисления однородных сказуемых неуместен оборот с союзом как, первая часть которого представляет собой отдельную грамматическую основу (три года, как...): Аня и Катя были неразлучными подругами, жили в одном доме, уже три года сидели за одной партой и даже своим собакам дали одинаковые клички. Сравним предложение без перечисления: Уже [прошло] три года, как Аня и Катя сидели за одной партой...
Такое слово неупотребительно. О жителе Монголии правильно: монгол.