Современные орфоэпические словари, например «Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, H. Ф. Касаткиной, «Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Н. А. Еськовой, рекомендуют произносить сино́псис. 

Иностранные слова, входя в русский язык, осваиваются им, то есть подчиняются его законам. Так ударение в заимствованиях часто перемещается на середину слова. «Русская» норма произношения устанавливается не сразу, словари могут отражать постепенное движение от одного варианта произношения к другому.

Во всех трех предложениях пунктуация верна.

В первом предложении два обстоятельства времени: на другой день и ни свет ни заря. Второе более конкретно, точно указывает на время действия, названное первым: на другой день (когда именно?) ни свет ни заря. Поэтому первое является уточняемым, а второе — уточняющим.

В двух последних предложениях сочетание ни свет ни заря является обстоятельством времени, но его нельзя назвать уточняющим, так как нет уточняемого компонента.

Нам удалось найти только одну словарную фиксацию – в «Словаре иностранных слов» Н. Г. Комлева (М., 2006). Там сообщается, что это существительное пришло из английского языка и называет группу работников, созданную для дискуссии по какой-либо теме или для ее разработки. Однако, по нашим наблюдениям, слово воркшоп сейчас часто употребляется иначе и по поводу его значения ведутся споры. То есть лексическая норма слова воркшоп пока не установилась, что затрудняет его использование.

Пунктуация верна. Фраза плоха с точки зрения стилистики, так как читающему непонятно, как в ней соотносятся между собой второстепенные члены предложения (иными словами, неясно, какие слова связаны между собой по смыслу, а какие - нет). Фразу лучше разбить на несколько простых предложений: ООО "Глобал Ресторантс Уфа" гарантирует оплату дополнительного профессионального обучения Анны Ивановой, являющейся менеджером Екатеринбургского филиала компании. Сумма оплаты составляет 48 032 (сорок восемь тысяч тридцать два) рубля.

1. Запятую лучше не ставить.
2. Да, эти названия следует заключать в кавычки, если они написаны кириллицей.
3. См. в «Письмовнике».
4. Сложные слова с первой частью бизнес- пишутся через дефис, кроме слов бизнесмен, бизнесвумен. Правильно: бизнес-отношения, бизнес-карта.
5. Предпочтительно: при написании работы используйте следующие слова.
6. Пунктуация зависит от смысла предложения. Если слова заведующий лабораторией, заведующая отделом кадров используются как уточнение или приложение, пунктуация верна.

Прежде всего отметим, что словосочетание правила русского языка не вполне корректно: о правилах можно говорить применительно не к языку, а к правописанию (правописание и язык – не одно и то же, хотя в школе на уроках русского языка учат главным образом правильному письму, поэтому у многих и создается впечатление, что изучение языка – это изучение правил орфографии и пунктуации). Применительно к языку следует говорить о нормах – в данном случае (если речь идет о роде слова кофе) нормах грамматических. Нормы фиксируются словарями и грамматиками, и фиксация нормы, разумеется, всегда вторична: не «так говорят, потому что так в словаре», а «так в словаре, потому что так говорят».

Главная особенность нормы – ее динамичность. Если в языке ничего не меняется, значит язык мертв. В живом языке постоянно рождаются новые варианты и умирают старые; то, что вчера было недопустимо, сегодня становится возможным, а завтра – единственно верным. И если лингвист видит, что норма меняется, он обязан зафиксировать это изменение. Появление в языке новых вариантов, действительно, приводит (со временем, иногда спустя очень долгое время) к их фиксации в словарях – это не «подгонка правил под ошибки», а объективная фиксация изменившейся нормы; по словам известного лингвиста К. С. Горбачевича, научная деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований». В то же время словари, в которых зафиксированы языковые варианты, должны выполнять нормализаторскую функцию, поэтому в них разработана строгая система помет: какие-то варианты признаются неправильными, какие-то допустимыми, а какие-то – равноправными. И это, пожалуй, самое сложное в работе лингвиста–кодификатора: определить, какие варианты сейчас можно считать допустимыми, а какие – нет. Эта работа, разумеется, всегда вызывала и будет вызывать критику, поскольку язык – это достояние всех его носителей и каждого в отдельности.

Таким образом, фиксация новых вариантов, ранее признававшихся недопустимыми, – это не самоцель для лингвиста, а его обязанность, часть его работы (не случайно В. И. Даль писал: «Составитель словаря не указчик языку, а служитель, раб его»). Вместе с тем лингвист обязан отделить правильное от неправильного, нормативное от ненормативного и дать рекомендации относительно грамотного словоупотребления (т. е. все-таки стать указчиком – для носителей языка). Критериев признания правильности речи, нормативности тех или иных языковых фактов несколько, при этом массовость и регулярность употребления – только один из них. Например, ударение звОнит тоже массово распространено, но нормативным в настоящее время не признается, поскольку такое ударение не отвечает другим критериям, необходимым для признания варианта нормативным. Хотя очень вероятно, что  со временем такое ударение и станет допустимым (а через пару столетий, возможно, и единственно верным).

После этого долгого, но необходимого предисловия ответим на Ваш вопрос. Употребление слова кофе как существительного среднего рода сейчас признается допустимым в непринужденной разговорной речи. На письме (а также в строгой, официальной устной речи) слово кофе по-прежнему следует употреблять как существительное мужского рода – такова сейчас литературная норма.

В новых словарях тоже зафиксировано Великое княжество Литовское (например, в 4-м издании «Русского орфографического словаря», вышедшем в 2012 году). Т. е. орфографическая норма не менялась, написание слова княжество в этом сочетании с большой буквы нарушает норму. Княжество пишется с прописной только в официальных названиях современных государств (Княжество Монако).

Слово Острова пишется с прописной в официальных названиях государств, административных территорий: Республика Маршалловы Острова. В значении 'группа островов, архипелаг' слово острова пишется строчными: Маршалловы острова (архипелаг).

В большинстве словарей (в том числе в изданиях, адресованных работникам эфира, где указывается строгая литературная норма), зафиксирован один вариант – ворожея. Впрочем, как Вы справедливо отмечаете, есть словари, где дано только ворожея. А согласно «Большому орфоэпическому словарю русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной (М., 2012), варианты ворожея и ворожея равноправны. По-видимому, так и есть: причины словарного разнобоя именно в том, что варианты сейчас конкурируют, ни один пока не вытеснил другой.