Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Вы правы, там должна быть запятая. Код диктанта исправлен. Спасибо за замечание!

В этом случае нужно обратиться к правоустанавливающим документам. Есть ли там кавычки? 

Скорее всего, там говорилось о просторечном употреблении. Можете точно процитировать учебник и дать ссылку?

Написание объясняется в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно прочитать уточненные правила.

Сходить на обед, сходить в парикмахерскую правильно. Сходить – пойти куда-л. и, побыв там, вернуться обратно.

Как сформулировал В. В. Маяковский, "зайдите через сто лет — там и поговорим". 

Специальных правил нет. Если аббревиатура есть в лингвистическом словаре, то там будет указано и правильное ударение.

Корректно без запятой: Голосуй где удобно ('в любом удобном месте'). Но: Голосуй там, где удобно.

Такое сочетание возможно, если нужно подчеркнуть, что людей приглашали. Например: там были приглашенные гости и гости незваные.