Действительно, мы нередко определяем род несклоняемого иноязычного существительного по роду русского слова, которое рассматривается как синоним или как родовое наименование для данного неизменяемого существительного. Авеню женского рода, потому что слово улица женского рода, а пенальти мужского рода, потому что здесь влияет род слова (штрафной) удар. Но это скорее исключение, чем правило. Очень часто такая проверка не работает, внешний фонетический облик иноязычного слова оказывается более сильным фактором, и слово приобретает характеристику среднего рода. Среднего – потому что это общая закономерность для русского языка: несклоняемые иноязычные существительные, оканчивающиеся на гласный, обозначающие предмет, относятся к среднему роду. Ср.: пальто, кашне, метро, кафе  и т. д.

Вот и в данном случае решающее значение имеет облик иноязычного слова, а не его русский синоним. Несмотря на то что медресе – это школа, существительное медресе относится к среднему роду. Правильно: старейшее медресе.

На возможность оформления прямой речи без кавычек в текстах СМИ указывает Д. Э. Розенталь, см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация», параграф 47.4.

«В пополаме» примеры не случайно: здесь возможна форма как единственного, так и множественного числа сказуемого. Подробные правила приведены здесь: Единственное и множественное число сказуемого. 

В «Русской грамматике» особенностям употребления форм именительного и творительного падежей в составных именных сказуемых посвящен параграф 2235.

Если в инфинитиве глагол имеет форму ретраить, то правильно: мы постоянно ретраим запрос. Если в инфинитиве глагол имеет форму ретрать, то правильно: мы постоянно ретраем запрос. 

Вводное сочетание кстати о птичках является цельным, фразеологическим: произнося его, говорящий едва ли предполагает говорить далее именно о птичках, тогда как, произнося кстати, о наболевшем, он планирует говорить именно о наболевшем. Сравним: Мои вины уже позабыты, и вроде уже должок за ней — она дома, а я вот в больнице. Уважают в России болезнь. Кстати, о птичках… Что ты думаешь о теореме Ферма? [Сергей Юрский. Теорема Ферма (1994)]; А чего стоит загадочный, скрытый туманом аэродром «Буревестник»! Отсюда камикадзе взлетали бомбить Перл-Харбор в 41-м. Кстати, о птичках: на Итурупе через пару месяцев достроят новый всепогодный аэропорт — единственный в истории современной России возведенный полностью с нуля [Комсомольская правда, 17.05.2014]. В связи с этим и запятая после кстати внутри этого сочетания не требуется. Отметим, правда, что в практике письма ее часто ставят — это показывают и приведенные примеры. 

Отличить вводное слово кстати от наречия кстати можно по значению — см., например, «Справочник по пунктуации». Сочетание кстати, о + существительное рассматривается как специфическая языковая единица — текстовая скрепа (скрепа-фраза). В этом сочетании слово кстати по своему значению вводное, поэтому пропускать запятую здесь нет оснований.

Толкование терминов следует обсуждать со специалистами в соответствующей области деятельности. Объяснения лингвистов опираются на общеизвестные значения употребляемых слов и не раскрывают смысловых особенностей лексики, используемой в качестве отраслевых терминов. Если обратиться к тематической литературе, то можно найти комментарии, в которых даются пояснения к дорожным знакам «Объезд препятствия справа», «Объезд препятствия слева», «Объезд препятствия справа или слева». В пояснения включается уточнение в том числе островков безопасности; ср.: «...объезд препятствий на проезжей части, в том числе островков безопасности, разрешается со стороны, указанной стрелкой». Следовательно, сфера действия названных дорожных знаков не ограничена понятием о препятствии, или, в соответствии с определением в «Правилах дорожного движения», неподвижном объекте на полосе движения, не позволяющем продолжить движение по этой полосе. Повторим в заключение: за разъяснениями, имеющими отношение к профессиональной терминологии, необходимо обращаться к профильным специалистам.

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

Согласно правилам пропуск несколькольких слов в предложении обозначается многоточием, а тогда как многоточие в угловых скобках заменяет текст из одного или нескольких предложений, опущенный при цитировании. Например:

Многоточие в угловых скобках

1. Сочетается с точкой, если предшествующее предложение цитаты приводится целиком, и с многоточием, если в конце предшествующего предложения цитаты или начале последующего предложения опущены слова. Напр.:

Полное предложение цитаты. <…> Полное предложение цитаты.

Предложение цитаты с опущенными в конце словами (последним словом)… <…> …Предложение цитаты с опущенными начальными словами (первым словом).

2. Выделяется в самостоятельный абзац, если им заменяется абзац между абзацами цитируемого текста. Напр.:

Первый абзац цитируемого текста.

<…>

Третий абзац цитируемого текста.

3. Ставится в начале и (или) конце абзаца цитируемого текста, если опущены предложения в начале и (или) конце этого абзаца. Напр.:

Первый абзац цитируемого текста.

<...> Второй абзац цитируемого текста с опущенным начальным и конечным предложением. <...>

Третий абзац цитируемого текста.

Корректно: молиться о чем (о здравии, о мире, о спасении и т. д.), молиться за кого-что. Молиться за Украину - корректное сочетание.