Пробелы нужны.

Проблема в том, что, насколько нам известно, нет ни одного ГОСТа или справочника, в котором содержалось бы однозначное указание – либо на то, что между инициалами должен быть пробел, либо на то, что между инициалами пробел недопустим. Можно ориентироваться на приведенные в ГОСТах и справочниках примеры, но в одних случаях пробелы там стоят, в других – не стоят.

Поэтому приходится руководствоваться логикой и здравым смыслом. Что такое пробел? Это признак нового слова. Мы же пишем Александр Сергеевич Пушкин с пробелами. Почему сокращения этих слов мы должны писать без пробелов? Другое дело, что при наборе текста на компьютерной клавиатуре лучше ставить не обычный пробел, а неразрывный (можно запомнить комбинацию клавиш: Ctrl+Shift+пробел), чтобы избежать ситуации, при которой инициалы останутся на одной строке, а фамилия будет перенесена на другую.

По общему правилу пишутся со строчной буквы без кавычек существительные, образованные от личных имен и фамилий, например: петрашевцы (участники кружка Петрашевского), ницшеанцы и др. Ср. также: панфиловцы (военнослужащие дивизии под командованием Панфилова), дятловцы (члены тургруппы Дятлова) и др.

Корректно писать со строчной существительные, образованные не только от имен собственных в узком смысле этого слова, но и от наименований. Что касается кавычек, то, как и во всех остальных случаях, их целесообразно использовать, если слово употреблено не в своем обычном значении, если нужно обратить на него внимание читателя. Так, значение слова вагнеровцы в современных текстах понятно и без кавычек, а вот ломоносовцы без кавычек может быть понято как 'жители города Ломоносова' или, например, 'ученики Ломоносовской школы'. Поэтому, если речь идет о членах ОПГ, кавычки уместны, чтобы подчеркнуть непривычное употребление слова.

Нужные словарные рекомендации есть в "Проверке слова".

С предложениями для орфографистов можно обратиться в Институт русского языка РАН:

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН
119019, Москва, ул. Волхонка, д. 18/2. 
Телефон: (+7 495) 695-26-60
Факс: (+7 495) 695-26-03

Представляется более правильной формулировка, приведенная в словаре Ожегова: «минуя кого-что, в знач. предлога с вин. п. Исключая кого-что-н., не прибегая к кому-чему-н., не касаясь кого-чего-н. Действовать минуя руководителя»  (см., например, 22-е издание словаря, М., 1990). Правда, есть издания, где слово минуя, как и в справочнике, о котором Вы говорите, напрямую записано в предлоги, например «Словарь наречий и служебных слов русского языка» В. В. Бурцевой (М., 2005). В этом словаре к предлогу минуя даны два примера: Договорился о поставках минуя начальство. Минуя огромное здание, подошли к маленькому домику. Но если с первым примером еще можно согласиться, то именование слова минуя предлогом во втором примере, на наш взгляд, авторская фантазия, здесь обычный деепричастный оборот.

Таким образом, мы бы сказали, что слово минуя может употребляться в значении предлога в некоторых (немногих) контекстах. Обращает на себя внимание, что из словаря в словарь кочует, в общем-то, один и тот же пример (с незначительными вариациями).

Написание наименований таких документов без кавычек - устоявшаяся практика.

Запятые нужны: Реализацией данной заявки в порядке, определенном Инструкцией о деятельности фирмы, занимается менеджер.

Корректно: ...ведь, когда...