Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Запятая не требуется, поскольку части сложносочиненного предложения объединены общим вводным словом "возможно".

Как указано в словаре-справочнике И. Л. Городецкой и Е. А. Левашова "Русские названия жителей", корректно называть жителей села Яльчики так: яльчиковцы, яльчиковец. Например: ...яльчиковцы, вооружившись, выступили против отряда нукеров (Дмитриев В. Д. Чувашские исторические предания: Очерки истории чувашского народа с древних времен до середины XIX века). Для жительниц женского пола однословного названия нет, так что приходится говорить "жительница села Яльчики".

Слово эхо не употребляется во множественном числе и не имеет такой формы. Предложение следует перестроить, используя синонимы, например: ...двух отраженных сигналов.

Вы правы, такое употребление некорректно. Возможные варианты: квартира с двумя уровнями, двухуровневая квартира. Также может иметься в виду квартира на двух этажах, двухэтажная квартира.

В предложении возможны два разных варианта постановки знаков препинания при приложении физическим лицам, относящемся к существительному доверителям. Эти варианты передают разный смысл. 

1. Одиночное тире после доверителям, заменяющее собой дефис. Если бы приложение было однословным, его нужно было бы писать через дефис (например: доверитель-организация). Согласно правилам координации, если приложение неоднословное, дефис заменяется на тире: При этом доверителям — физическим лицам доступна упрощенная регистрация... (См. параграф 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.) В этом случае в предложении будет «прочитываться» не только то, что тому доверителю, который является физическим лицом, доступна упрощенная регистрация, но и то, что другим типам доверителей она недоступна; сами же эти типы существуют.

2. Выделение приложения физическим лицам с двух сторон запятыми или парным тире, например: При этом доверителям — физическим лицам — доступна упрощенная регистрация... В таком случае сочетание физическим лицам станет пояснением к слову доверителям. «Пояснительные члены предложения равнозначны поясняемым, но называют их по-другому» (параграф 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), а значит, в предложении будет подразумеваться, что доверителями могут быть только физические лица и что иных типов доверителей не существует.

Возможны варианты пунктуации: Уже более двух лет прошло, с тех пор как я покинул этот город и Уже более двух лет прошло с тех пор, как я покинул этот город. В данном случае место запятой зависит от того, где автор хочет поставить логическое ударение. Подробнее о пунктуации в предложениях с составными подчинительными союзами читайте в «Справочнике по пунктуации».