Названия этих должностей нужно писать строчными буквами.
В подобных случаях название института следует писать в кавычках и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт серпа и молота», директор Учреждения РАН «Институт серпа и молота».
Правильно: ...в лице генерального директора Маши Ивановой, действующего на основании Устава.
Сочетание с точки зрения обособляется как вводное, если относящиеся к нему слова содержат указание на лицо: Такое поведение, с моей точки зрения, недопустимо. Заработную плату, с точки зрения директора, увеличивать не следует. Если указаний на лицо не содержится, то выражение с точки зрения вводным не является и не выделяется знаками препинания: Такое объяснение с научной точки зрения является абсурдным.
Инициалы в этом случае лучше поставить перед фамилией.
Запятая ставится в соответствии с традициями письменной деловой речи. Правила, регламентирующего постановку запятой после слов "С уважением", не существует.
Да, наименование должности генеральный директор пишется всегда с маленькой буквы.
Правильно: в лице исполняющего обязанности... действующего.
Правилен первый вариант.
Названия департаментов и отделов компаний, как и названия должностей начальников, директоров и руководителей, пишутся строчными буквами.
