При официальном титуловании иерарха прописные буквы в сочетании Патриарх Константинопольский нужны. Правильно: разделение церквей на католическую и православную.

Написание Е подчиняется правилу о чередующихся гласных: в корнях бер-бир, дер-дир, мер-мир, блест-блист и др. пишется И, если дальше следует суффикс -а-, при его отсутствии пишется Е: берет – забирает, блестеть – блистать, выдеру – выдирать и т. п.

Удвоенная согласная указывает на долготу звука. Ср. коса [каса], но касса [касса]. 

Прописная буква нужна только в том случае, если речь идет о конкретном памятнике письменности.

В этом предложении сочетание с утра представляет собой сочетание предлога с существительным в роли обстоятельства времени (ср. в сочетании с прилагательным: с раннего утра, со вчерашнего утра). Предлоги с существительными пишутся раздельно; окончание -а — окончание родительного падежа единственного числа существительного среднего рода утро.

Исторически в слове препятствие выделяется приставка пре- со значением, близким к значению приставки пере- (у этой приставки есть значения перехода, передачи, превращения, преграды, деления надвое, взаимного действия), этим и объясняется написание с буквой е. Полный корень, представленный в этом слове (тоже с исторической точки зрения), — пин/пн/пя/пон: запинаться (препятствие, препинание), запнуться, запятая, запонка (препона).

Однако в современном русском языке приставка в слове препятствие уже не выделяется. Разбирая это существительное по составу с точки зрения современного языка, мы должны выделить корень препятств-.

В параграфе 45.8 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в подобных предложениях слова знаешь (знаете) и видишь (видите) употребляются «близко к частице». Сравним приводимые там примеры: А нам за это знаешь что будет?; Там знаешь какое положение?; А бабка Варвара видишь что делает? и т. п. Грамматическая основа в предложении указана Вами верно (подлежащее — обычай, сказуемое — какой).