Правильно: Государственное автономное учреждение «Организационный центр спортивных мероприятий» внедрило... Согласование идет с родовым словом (в данном случае – учреждение). Ср.: кинотеатр «Победа» показал... (не показала).
Сказуемое согласуется с главным словом: БУК ВО "Информационно-аналитический центр культуры" получило уведомление.
В данном случае это синонимы, оба варианта верны.
В обоих случаях верно со строчной (маленькой) буквы. Вы написали правильно.
Это регламентировано орфографическими правилами: "Названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы, напр.: президент, канцлер, председатель, министр, премьер-министр, заместитель министра, мэр, император, королева, хан, шейх, генеральный секретарь, заслуженный деятель культуры, лауреат Нобелевской премии, посол, атташе, директор, генеральный директор, академик, доктор наук, профессор, член-корреспондент, генерал-майор, командующий войсками, руководитель департамента, заведующий отделом, управляющий делами.
В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы, напр.: Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ, Председатель Государственной думы, Премьер-министр Индии, Её Величество Королева Англии (см. также § 202). Однако в неофициальных текстах эти названия пишутся со строчной буквы, напр.: выборы президента, выступление председателя Госдумы, распоряжение премьер-министра, приём у королевы" (§ 196).
Корректны прописные буквы (терминологическое значение).
Вторая запятая нужна: она закрывает причастный оборот.
Перед открывающими кавычками запятая не опускается. Если она нужна по условиям контекста, ее сохраняют: Центр помощи женщинам, оказавшимся в кризисной ситуации, «Доверие».
Как правило, союзы при образовании аббревиатур пропускают (ведь есть не только И, но также ИЛИ, ЛИБО и т. д.), но это не обязательно (иногда они нужны для благозвучности аббревиатуры), при этом с союзом И существует множество аббревиатур.