Варианты синонимичны.
Правильно с буквенным наращением, если цифры читаются как порядковые числительные. Если же цифры обозначают количественные числительные (в пределах одной-двух зон), то наращение не используется.
1. Запятая перед «при» не нужна.
2. Предлог «в» не нужен.
Корректно тире без пробелов: (А.1)—(А.5).
Имеется в виду, что финикияне знают эти области и посещают их? Тогда фразу нужно перестроить: области, известные финикиянам и посещаемые ими.
Верно: органы грудной и брюшной полости.
Вы имеете в виду такие существительные, для которых грамматическая категория рода сохраняет свое семантическое значение?
Запятая не нужна: в городе Угличе Ярославской области. Ср. при уточнении (сужении понятия): в Ярославской области, в городе Угличе, состоялось...
Это конкретные существительные.
