Запятая ставится (и наоборот замещает целое предложение).

Выделение оборота, начинающегося с согласно, не обязательно, однако возможно. Поэтому корректны такие варианты: 1. Нужно иметь в виду, что согласно Налоговому кодексу РФ суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам; 2. Нужно иметь в виду, что, согласно Налоговому кодексу РФ, суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам. 

Какие-либо обязательные запятые не требуются. Возможно обособление оборота в случае установления… дознания Госпожнадзора. Его целесообразно выделить запятыми, чтобы синтаксическая и смысловая структура предложения легче воспринималась.

В сочетании общение за комфортную сумму в месяц запятая не нужна. Но в названной фразе, по-видимому, речь идет о другом сочетании: всё... за комфортную сумму (в этом случая придаточная часть что нужно для общения обособляется).

Правильно: процент чего (при выражении зависимого слова собирательным существительным или существительным, не имеющим количественного значения: двадцать процентов населения) и процент от чего (при зависимом слове – количественном числительном: пять процентов от шестидесяти). Если в качестве зависимого слова выступает существительное, связанное с понятием количества, то употребление предлога факультативно: три процента этой суммы / три процента от этой суммы; один процент заработной платы / один процент от заработной платы.

В пункте 4 параграфа 36.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится, что в подобных случаях «после союза однако запятая обычно ставится».

Здесь союзное слово кто действительно присоединяет придаточную часть, вот только заканчивается эта придаточная часть перед точкой, сказуемые участвовал и сбежал однородны, относятся к подлежащему кто. Необходимо выделить парными знаками приложение дворцовый переворот (с зависимыми словами), которое поясняет существительное заговор: Серж был банкиром, коллекционером картин и праправнуком генерала Л. Л. Беннигсена, того самого, кто участвовал в заговоре — дворцовом перевороте 1801 года против императора Павла I — и потом сбежал из России.

Этот вопрос регулируется не правилами русского языка, а сложившейся традицией оформления документов. Формально по правилам здесь как раз не требуется большая буква (это не начало предложения, расшифровка суммы прописью не является собственным наименованием и т. д.). Но в документах — в первую очередь в бухгалтерских документах, заполняемых от руки, — сложилась традиция писать первое слово в расшифровке суммы с большой буквы, чтобы исключить возможность приписать что-то впереди и тем самым подделать документ. В других документах обычно пишут так же — с  большой буквы в именительном падеже.