Вы написали верно: В первой половине 1980-х годов экономический эффект от более чем 1000 [тысячи] научных проектов составил 97 миллионов рублей. Мы не уверены, что экономический эффект исчисляется в суммах, но это уже вопрос не к лингвистам, а к экономистам. 

Это непростой случай, от изменения окончания будет изменяться смысл.

Доля = часть чего-либо. Например: доля наследства = часть наследства, доля квартиры = часть квартиры. 1/2 доля квартиры (одна вторая доля квартиры) = то же, что одна вторая часть квартиры, половина квартиры. По 1/2 доле квартиры (по одной второй доле квартиры) = по одной второй части квартиры, по половине квартиры. Например: при разводе каждый из супругов получает по одной второй доле квартиры (= по одной второй части, по половине, т. е. квартира делится между супругами пополам).

1/2 доли = одна вторая (чего?) доли, т. е. половина чьей-то доли (а сколько составляет сама доля – из этой формулировки неизвестно). По 1/2 доли квартиры (по одной второй доли квартиры) = по одной второй ОТ чьей-то доли, чьей-то части в этой квартире (а не по половине квартиры!).

Надо сказать, что использование в юридических текстах формулировок 1/2 доля квартиры (дома и т. д.) существенно усложняет восприятие текста. Было бы лучше, если бы закрепилось написание 1/2 квартиры, 1/2 дома (т. е. слово доля здесь явно лишнее).

Конструктивно все верно, но, возможно, стоит сказать как-то проще?

Верно: два и более коллектива.

Нет, после количественных числительных наращение не требуется. Правильно: не более 4 часов в сутки.

Поскольку между подлежащим и сказуемым есть слово теперь, тире не ставится.

Вас интересует, какой вариант предпочтителен? Это вариант флигеля. Вариант флигели существует на правах допустимого.

Такое сочетание некорректно. Правильно: выразить протест или оказать сопротивление, например.

Оба варианта верны.

Обе формы некорректны. Возможный вариант: более чуждый.