Корректная пунктуация: Принимая во внимание имеющуюся и сохраняющуюся ситуацию с угрозой распространения коронавируса в России и мире, приведшую к сокращению передвижений и перемещений физических лиц как внутри страны, так и за ее пределами, ограничению деятельности организаций и запретам на проведение массовых мероприятий, организационный комитет конференции по итогам совещания от 9 июня 2020 года принял следующие решения.

Да, слово однако является вводным и обособляется, если стоит в середине и конце предложения: Смотри, однако, будь осторожен! Какая зима, однако!

Однако слово однако может иметь значение противительного союза но (стоит в начале предложения или соединяет однородные члены), в этом случае запятая ставится только перед союзом: Информация отсутствует, однако ее можно запросить. Однако подготовка и проведение конкурсов планируется позднее.

На наш взгляд, ошибка здесь не речевая, а логическая. 

Есть смысловая неоднозначность: из текста следует, что потратится вся страна.

Такой термин существует. Речевая ошибка – резкое и немотивированное отступление от императивных (строго обязательных) норм литературного языка, нарушение правильности речи. К речевым ошибкам относятся ошибки орфоэпические (например, кедровый вместо кедровый), грамматические (например, тапочек порвался вместо тапочка порвалась), лексические, стилистические и др.

Корректны оба варианта. 

Предпочтительно: Три части: введение, основная часть и заключение — следуют друг за другом.

Современная норма: по окончании. В XIX веке форма подобных оборотов была неустойчива. Ср. данные «Словаря языка Пушкина»: по окончанию (по окончании): По окончанию трудов, Петр вынул карманную книжку, дабы справиться, всё ли им предполагаемое на сей день исполнено. АП 11.38. По окончанию трагедии она была вызвана криками исступления Ж2 11.20. По окончании же войны Суворов получил повеление немедленно ехать в Москву ИП 76.8.