Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?

Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).

Если использовать форму в. п., то правильно: на двух львов больше (лев - одушевленное существительное). Но и фраза "Львов на два больше, чем тигров" вполне корректна.

Усилительно-ограничительное слово (в данном случае это частица как раз), стоящее перед подчинительным союзом, не отделяется от него запятой: Как раз когда разговор гостя и хозяйки, перейдя от воспоминаний об умершем юноше к подробностям его повседневной жизни, готов был начаться по новой, случайным движением корейский веер выскользнул из его руки.

Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.

Рекомендации справочных пособий относительно склонения географических названий в сочетании с родовым словом разнятся. Но всё-таки будем следовать рекомендациям А. В. Суперанской как одного из наиболее авторитетных отечественных специалистов в области ономастики и топонимики. Ответ на вопрос № 201229 исправлен.

Можно рассматривать этот фрагмент как часть корня.

Можем рекомендовать такие пособия:

1. Глазунова О. А. Грамматика русского языка в упражнениях и комментариях. Ч. 1. Морфология. СПб.:  Златоуст, 2012.
2. Глазунова О. А. Грамматика русского языка в упражнениях и комментариях. Ч. 2. Синтаксис. СПб.:  Златоуст, 2015.
3. Метс Н. А. Трудные аспекты русской грамматики для иностранцев. М.: ИКАР, 2014.

В основах косвенных падежей и форм мн. числа существительных на -мя выделяется формообразующий суффикс -ен, ср.: врем-я — врем-ен-и и врем-ен-а, имя — им-ен-и и им-ен-а, сем-я — сем-ен-и и сем-ен-а и т. п. От основ существительных с суффиксом -ен при помощи суффикса -н- образуются прилагательные: врем-ен-н-ый и времен-н-ой, им-ен-н-ой, сем-ен-н-ой и т. п.

Ваш ребенок разделил слова на слоги в соответствии с теорией восходящей звучности, согласно которой в слоге волна звучности возрастает от начала слога к его вершине. Вершиной является самый звонкий звук, т. е. гласный. Учитель разделил слова на слоги в соответствии с другими теориями слогоделения.