Оба варианта корректны. В первом случае единственное число используется в значении множественного, такое часто бывает в русском языке.
Предпочтительно не склонять.
Ход рассуждения следующий.
Заменим местоимение существительным, вместо которого оно употреблено:
Не все растения прижились.
Ясно, что вместо (не) все растения возможны варианты многие растения, некоторые растения, сильные растения, слабые растения и т. д. Очевидно, что подлежащим является только существительное, а местоимение служит определением к нему. Определение является одним из второстепенных членов, но может играть решающую роль в формировании общего смысла предложения — как и другие второстепенные члены; однако это еще не основание для того, чтобы включать их в один из главных членов.
То же касается и исходного варианта предложения: подлежащее — они.
Запятые расставлены верно.
Запятая ставится.
Оба варианта возможны.
Слитное написание возможно, если здесь также синонимично слову "тоже".
Оба варианта возможны.
Оба варианта верны.
